Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,903,692 | 0 | C | A | 44.3% | 83.4 / 44.4 | 61 | intergenic (+318/+1055) | ygcE/queE | putative kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase; queosine biosynthesis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/29); new base A (27/0); total (32/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 |
ACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTA > NC_000913/2903548‑2903838 | aCAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACtaa < 2:422881/151‑3 (MQ=255) cAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCAt < 2:207770/151‑1 (MQ=255) gAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGc < 1:233905/151‑1 (MQ=255) gAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGc < 2:554376/151‑1 (MQ=255) aaCTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑aaaa < 1:535150/151‑1 (MQ=255) aCTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAAc < 1:676618/151‑1 (MQ=255) aCTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCATTAACCT‑C‑aaaa > 2:145066/1‑150 (MQ=255) cTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACTCATTAGCCT‑C‑aaaa > 2:639578/1‑149 (MQ=255) tACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACACCCAtttagctccaaaaa > 2:517950/1‑138 (MQ=255) gATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACTCAATATCCT‑C‑AAAACaaaaaaaa > 2:233797/1‑145 (MQ=255) tGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTAAAAACACTCATTATCCT‑C‑CAaacaaaaacaaa > 2:774705/1‑149 (MQ=255) gTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACt < 1:1048085/150‑1 (MQ=255) ttAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGATATGTAAAAAAACTCATTAACCT‑C‑AAAAAAAAAAAAAAAtt > 1:228454/1‑147 (MQ=255) tAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTAAAAACACTCATTTACCT‑C‑AAAAAAAAAACaaaactcc > 2:781680/1‑143 (MQ=255) tAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTTAAAACACTCATTAACCT‑C‑AAaacaaaaacaaa > 2:615053/1‑143 (MQ=255) tAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTTAAAACACCCATTTGGCT‑C‑AAAAAAAAAACAAACTTccc > 2:445887/1‑148 (MQ=255) aGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAACCACCCATTAACCC‑C‑CAaaaaaaaaaaaaaatcccga > 2:470997/1‑142 (MQ=255) aaTAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTAAAAACAATCCTTTACCT‑C‑AAAACAAAAACAAACCTCCAGGttt > 1:35570/1‑151 (MQ=255) aaTAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGAttt < 1:112953/151‑1 (MQ=255) aTAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTTAAAACACACATTAACCC‑C‑aaaaaaaaaaaaaaaattccgattt > 2:73639/1‑139 (MQ=255) aTAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATtta < 2:705374/151‑1 (MQ=255) aaaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATttatt < 1:630912/151‑1 (MQ=255) aaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATttatta < 1:991951/151‑1 (MQ=255) aaaGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAAAACTCATTATCCT‑C‑AAAAAAAAAAAAAAAATCCAGATttatt > 1:137209/1‑150 (MQ=255) aaTACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTAACCT‑C‑AAAAAAAAAAAAAAAATCCAGAAttttttatt > 2:494352/1‑144 (MQ=255) aTACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAAcc < 2:140476/151‑1 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGGAAAAACAAGCATTATCCC‑C‑CAAAAATAGAAAAACTTTCCGATTTATTACTTTACCaa > 1:112351/1‑148 (MQ=255) aaTCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGATATTTAAAAAAACACATTTAACT‑C‑CAAAAAAAAAAAAAAATCCCGATTTTTTACtttaaaaatg > 1:674001/1‑142 (MQ=255) cACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTCATTATCCT‑C‑CAAAAAAAAACAAAATTCCAGAATTATTAATTTACCaaaaaaaaa > 1:845634/1‑143 (MQ=255) cACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAAc < 2:842339/151‑1 (MQ=255) aCTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTAAAAACACACATTTGCCT‑C‑AAAACAAAAAAAAAACTCCCAATTTATTACTTTACCaaaaaaaaa > 2:51179/1‑142 (MQ=255) cAATTTTCACTTAAAGCATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTa < 1:823145/150‑1 (MQ=255) aTTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTaaaa < 2:162265/151‑1 (MQ=255) ttCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATTTTAAAAAAACCCTTATCCA‑C‑AAAACAAAAAAAAACATCCCGAATTATTAATTAACAAAAT‑AATAAAAAAATTaaaaaa > 1:744672/1‑150 (MQ=255) cACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAata < 1:64112/150‑1 (MQ=255) cTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACACATTATCCC‑C‑CAAAAAAAAACAAAAATCCAAAATTTTTTATTAAACAAAA‑AAAAAAAAAACTAAAAAAaata > 1:551330/1‑150 (MQ=255) aaGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTCATTAACCT‑CAAAAAAAAAAAAAAATTTCCAAATTTTTTATTTAACAAAGA‑AAAAAAAAACTAaaaaaaata > 1:549990/1‑143 (MQ=255) aaGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑tt < 1:90361/151‑1 (MQ=255) gAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACCCCCATTAGCCT‑C‑CAAAAAAAAAAAAAATTTCAAATTTTTTATTTAAACAAAT‑AAAAACAAACTTAAAAAAaataattttttttt > 2:360359/1‑140 (MQ=255) aCTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTaaa < 1:878243/151‑1 (MQ=255) tGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTGTAAAAACACTCATTAGCCT‑C‑AAAAAAAAAAAAAAAATCCAAATTTTTTTCTTTACCAAAA‑AATAAAAAACTTAAAAAAAATAATG‑TTTTTTTaaa > 2:697983/1‑149 (MQ=255) tGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTATAACAAAACCTTTGCCT‑C‑AAAAAAAAAAAAAACATTCAGTAATATTAATTTACCCATG‑AATAAAAAACTTAAAAAACATAATG‑Tttttttta > 1:210106/1‑144 (MQ=255) ggATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAg < 2:14045/149‑1 (MQ=255) ggATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAg < 1:264902/149‑1 (MQ=255) gATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGaaa < 2:47965/151‑1 (MQ=255) tatCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTCATTTTCCTCC‑AAAAAAAAAAAAAATTTCCAATTTTTTTTTTTAACAAAAA‑AAAAAAAAAC‑TAAAAAAAAAAATG‑TTATTTTTAaaaaaa > 2:371126/1‑150 (MQ=255) ttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGaaaaaa < 2:903243/147‑1 (MQ=255) ttATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAAtt < 1:1025570/149‑1 (MQ=255) tCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTCATTATCCT‑C‑AAAAAAAAAAAAAAATTCCAGAATTTTTTATTTACCAAAG‑AATAAAAAAATTAAAAAATATAATG‑TTATTTTTAAAAAAAAAATaaaa > 1:290308/1‑147 (MQ=255) aTAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACCCATTATCCT‑C‑CAAAAAAAAAAAAAAATCCCAAATTATTTCTTTAACAAAA‑AAAAAAAAACTTAAAAAAAATAATG‑TTATTTTTAAAAAAAAAATaaaaag > 2:98403/1‑145 (MQ=255) aaGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCAtt < 1:919987/151‑1 (MQ=255) aaCTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAAt < 2:566923/151‑1 (MQ=255) aCTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTTTTTAAAAACACTAATTTTCCC‑C‑AAAACAAAAAAAAAACTCCATAATTATTTATTAAACAAAGAAAAAAAAAACTTAAAAAA‑ATAATGTTTTTTTTAAAAAAAAAATTAA‑AAGCATTaa > 1:768122/1‑149 (MQ=255) aCTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAAtt < 2:991179/151‑1 (MQ=255) aCTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAAACACCCATTAACCT‑C‑AAAACAAAAACAAAATTCCCGATTTATTTCTTAAACAAAG‑AATAAAAAACTTAAAAAATATAATG‑TTATTTTAAAAAAAAAAATAAAAAGCAATAAtt > 2:121079/1‑151 (MQ=255) aTTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCaa < 2:197107/151‑1 (MQ=255) tcatcaACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAat < 2:43505/150‑1 (MQ=255) cAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTaaaaa < 1:371060/151‑1 (MQ=255) aTGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAAttt > 2:118656/1‑151 (MQ=255) gTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCt > 1:23267/1‑151 (MQ=255) aaaCCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTa > 2:154294/1‑150 (MQ=255) | ACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCT‑C‑AAAACAAAGACAAACTTCCAGATTTATTACTTAACCAATG‑AATAACAAGCTTAAAAAATATACTG‑TTATTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATTAAAATTTCTTA > NC_000913/2903548‑2903838 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |