| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,637,283 | A→G | 45.0% | Q3R (CAA→CGA) | EK12AG100_RS08155 → | recombinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,637,283 | 0 | A | G | 45.0% | 63.0 / 235.8 | 171 | Q3R (CAA→CGA) | EK12AG100_RS08155 | recombinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/47); new base G (39/38); total (86/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CCACTTTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTGAGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTA > NZ_LN832404/1636989‑1637569 | ccACTTTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTGAGATGCATTATGAAATGAACACAAATTTCGTATCAAGTCTCACTATGCCTCa > 2:206821/1‑295 (MQ=255) 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tctcACTATGTCTCGAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCAt > 1:534080/1‑295 (MQ=255) tcACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTg < 1:499051/295‑1 (MQ=255) tATGTCTCGAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGGGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATTGCCTTGGTTTTAATTCAATTGATAATAGGAAACCAGTGGAACAACTGACCCAAAACGGTATCagatttaaatgttta > 2:675724/1‑283 (MQ=255) | CCACTTTAACAACATTTTGCTCCACTTTTCCACGACCAAACAACTTGAAATCTGGTTAAAATAACACGCAACACTATTCTTCTTCCTTGAGTCCGCCCGGAACTCGAAAAACAAACCGAGTTAAAGCCATTTTTCACAAAATCGATTTTGGGTCTCACCAAAATTACGGGGTTGCATACGCATTCGTTTATTTTCGAACGTGTACATACAAATATGCACAAAAATAATCATAATTATTTTCTGAGATGCATTATGATATGAACACCAATTTCGTATAGAGTCTCACTATGTCTCAAATTTTTGCTTACTGTCGGATATCAACGCTGGATCAGACCACCGAAAATCAACGCCGGGAAATCGAAAGTGCAGGTTTTAAAATCAAACCTCAGCAAATAATCGAAGAACACATTAGCGGCTCAGCAGCAACCAGTGAGCGTCCTGGTTTTAACCGGTTGCTTGCTCGCCTGAAATGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTA > NZ_LN832404/1636989‑1637569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |