Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_LN832404 | 3,643,941 | T→C | 91.7% | V377A (GTG→GCG) | gorA → | glutathione‑disulfide reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 3,643,941 | 0 | T | C | 91.7% | 215.7 / 8.8 | 72 | V377A (GTG→GCG) | gorA | glutathione‑disulfide reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/3); new base C (36/30); total (39/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
GAAAAAGGCTATATCGTCGTCGATAAATATCAAAACACCAATATTGAAGGTATTTACGCGGTGGGCGATAACACGGGTGCAGTGGAGCTGACACCGGTGGCAGTTGCAGCGGGTCGCCGTCTCTCTGAACGCCTGTTTAATAACAAGCCGGATGAGCATCTGGATTACAGCAACATTCCGACCGTGGTCTTCAGCCATCCGCCGATTGGTACTGTTGGTTTAACGGAACCGCAGGCGCGCGAGCAGTATGGCGACGATCAGGTGAAAGTGTATAAATCCTCTTTCACCGTGATGTATACCGCCGTCACCACTCACCGCCAGCCGTGCCGCATGAAGCTGGTGTGCGTTGGATCGGAAGAGAAGATTGTCGGTATTCACGGCATTGGCTTTGGTATGGACGAAATGTTGCAGGGCTTCGCGGTGGCGCTGAAGATGGGGGCAACCAAAAAAGACTTCGACAATACCGTCGCCATTCACCCAACGGCGGCAGAAGAGTTCGTGACAATGCGTTAAATGTTAAAGGGCTAAGAGTAGTGTGCTCTTAGCCCTTAATTACGTTTCCGCTATCAGTTCAGAAGCT > NZ_LN832404/3643652‑3644231 | gAAAAAGGCTATATCGTCGTCGATAAATATCAAAACACCAATATTGAAGGTATTTACGCGGTGGGCGATAACACGGGTGCAGTGGAGCTGACACCGGTGGCAGTTGCAGCGGGTCGCCGTCTCTCTGAACGCCTGTTTAATAACAAGCCGGATGAGCATCTGGATTACAGCAACATTCCGACCGTGGTCTTCAGCCATCCGCCGATTGGTACTGTTGGTTTAACGGAACCGCAGGCGCGCGAGCAGTAGGGCGACGGCCAGGTAAAAGGGTATAAAACCTCATTCACCCTGgtgt > 2:143509/1‑295 (MQ=255) aaaaGGCTATATCGTCGTCGATAAATATCAAAACACCAATATTGAAGGTATTTACGCGGTGGGCGATAACACGGGTGCAGTGGAGCTGACACCGGTGGCAGTTGCAGCGGGTCGCCGTCTCTCTGAACGCCTGTTTAATAACAAGCCGGATGAGCATCTGGATTACAGCAACATTCCGACCGTGGTCTTCAGCCATCCGCCGATTGGTACTGTTGGTTTAACGGAACCGCAGGCGCGCGAGCAGTATGGCGACGATCAGGTGAAAGTGTATAAATCCTCTTTCACCGCGATGtat > 2:316796/1‑295 (MQ=255) aGGCTATATCGTCGTCGATAAATATCAAAACACCAATATTGAAGGTATTTACGCGGTGGGCGATAACACGGGTGCAGTGGAGCTGACACCGGTGGCAGTTGCAGCGGGTCGCCGTCTCTCTGAACGCCTGTTTAATAACAAGCCGGATGAGCATCTGGATTACAGCAACATTCCGACCGTGGTCTTCAGCCATCCGCCGATTGGTACTGTTGGTTTAACGGAACCGCAGGCGCGCGAGCAGTATGGCGACGATCAGGTGAAAGTGTATAAATCCTCTTTCACCGCGATGTATAcc < 1:397617/295‑1 (MQ=255) atatCGTCGTCGATAAATATCAAAACACCAATATTGAAGGTATCTACGCGGTGGGCGATAACACGGGTGCAGTGGAGCTGACACCGGTGGCAGTTGCAGCGGGTCGCCGTCTCTCTGAACGCCTGTTTAATAACAAGCCGGATGAGCATCTGGATTACAGCAACATTCCGACCGTGGTCTTCAGCCATCCGCCGATTGGTACTGTTGGTTTAACGGAACCGCAGGCGCGCGAGCAGTATGGCGACGATCAGGTGAAAGTGTATAAATCCTCTTTCACCGCGATGTATACCGCCGt > 1:284729/1‑295 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |