Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_LN832404 | 3,715,942 | A→G | 100% | intergenic (‑385/‑49) | EK12AG100_RS18455 ← / → EK12AG100_RS18460 | DUF3053 domain‑containing protein/HTH‑type transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 3,715,942 | 0 | A | G | 100.0% | 883.2 / ‑6.7 | 244 | intergenic (‑385/‑49) | EK12AG100_RS18455/EK12AG100_RS18460 | DUF3053 domain‑containing protein/HTH‑type transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (131/111); minor base T (1/0); total (133/111) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTCTACGTAATCTTCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTG‑TAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTGTCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATAAGCTTCGATGCAATTCACGATCCCGCAGTGTGATTTGAGGAGTTTTCAATGGAATATAAAGATCCAATGCATGAGCTGTTGAGCAGCCTGGAACAGATTGTTTTTAAAGATGAAACGCAGAAAATTACCCTGACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGA > NZ_LN832404/3715650‑3716231 | tAATCTTCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTG‑TAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCCAAATCTTTACAAAAAAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCATAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTGTCTCCTTTTCCCGACTATTCTTAATGAGCTTCGAt > 1:471149/1‑295 (MQ=255) ttCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTG‑TAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTCAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTGTCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATGAGCTTCGATGCAAt > 1:712547/1‑295 (MQ=255) ccTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTG‑TAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTGTCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATGAGCTTCGATGCAATTc < 1:746876/295‑1 (MQ=255) tGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTG‑TAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTGTCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATGAGCTTCGATGCAATTCAc > 1:508059/1‑295 (MQ=255) 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ttttCCCGACTATTCTTAATGAGCTTCGATGCAATTCACGATCCCGCAGTGTGATTTGAGGAGTTTTCAATGGAATATAAAGATCCAATGCATGAGCTGTTGAGCAGCCTGGAACAGATTGTTTTTAAAGATGAAACGCAGAAAATTACCCTGACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGCATCAAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTg > 1:467173/1‑295 (MQ=255) ttCTTAATGAGCTTCGATGCAATTCACGATCCCGCAGTGTGATTTGAGGAGTTTTCAATGGAATATAAAGATCCAATGCATGAGCTGTTGAGCAGCCTGGAACAGATTGTTTTTAAAGATGAAACGCAGAAAATTACCCTGACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCTAGTGCCGAACTAAAAt > 1:520543/1‑295 (MQ=255) ttCTTAATGAGCTTCGATGCAATTCACGATCCCGCAGTGTGATTTGAGGAGTTTTCAATGGAATATAAAGATCCAATGCATGAGCTGTTGAGCAGCCTGGAACAGATTGTTTTTAAAGATGAAACGCAGAAAATTACCCTGACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTCCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAAt > 1:586191/1‑295 (MQ=255) | TTCTACGTAATCTTCCTGGTAAAATCATGGAGAAAATGAAACAAGGTTAATTTGTTGTTTCATTGTTAAAAAATGATAGTGCCGTTGCCTTTTTTG‑TAGCCAGAGATTTACGCCTTCGCAGAAGGTTAGATTTTCGAAATCTTTACAAAACAGGAGTGGTAAGAGATATATCGGCATTTATCAGATCGTTAGGTGGCTATAAGTCACGCTAAATGACAGGCTGAATCGAATCATAGCCAGAGCATGCCCTGACTTCACCCCGCTGTGTCTGCTTTTCCCGACTATTCTTAATAAGCTTCGATGCAATTCACGATCCCGCAGTGTGATTTGAGGAGTTTTCAATGGAATATAAAGATCCAATGCATGAGCTGTTGAGCAGCCTGGAACAGATTGTTTTTAAAGATGAAACGCAGAAAATTACCCTGACGCACAGAACAACGTCCTGTACCGAAATTGAGCAGTTACGAAAAGGGACAGGATTAAAAATCGATGATTTCGCCCGGGTTTTGGGCGTATCAGTCGCCATGGTAAAGGAATGGGAATCCAGACGCGTGAAGCCTTCAAGTGCCGAACTAAAATTGA > NZ_LN832404/3715650‑3716231 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |