| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,150,309 | A→G | 100% | pseudogene (1012/1152 nt) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,150,309 | 0 | A | G | 100.0% | 281.9 / NA | 77 | pseudogene (1012/1152 nt) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (34/43); total (34/43) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCAACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTTCATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGACGAATATCCATATGCAACTCACAGCAAGCGCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCC > NZ_LN832404/4150017‑4150596 | tcttccgatgtccTTAGCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTtgaa < 1:808153/284‑1 (MQ=255)cggcgCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTtgaa < 1:352708/295‑1 (MQ=255) gcgAGCGCCTTAGCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTtgaataaa < 1:802169/295‑1 (MQ=255) cgggggcagtgtCCGGGGTACGGGTGAGCATCGTTGGAGTCACTGTACGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATACGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAAc < 2:321778/284‑1 (MQ=37) 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ggcgaCGGTTGGGCATCGCTTGAGTCAAGGTGGGGCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCGGACATTATTGCGGCACGGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACag < 2:241962/291‑1 (MQ=255) gCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTACTGCCAGCAAAAATGGTGAATTACATGGGTTATCAGTTCGAGGGTGGGCTTGATAAACAGTGTTTCCTGGTATTCAGCTGGTTGATTAGCCTGATGAATTGACGCAAGCCGCAACAACTGCGTCGGGCATACTGTTTTAATAGACGGAGCtcacggccgt > 2:328507/1‑286 (MQ=21) cGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGtt < 1:40624/295‑1 (MQ=255) 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aGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGAACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGGGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGATATCAGTTAGCGGGTGGGCTTGATAAAACGTGTTTCCAGATATTAATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCAAAACGTTTGAATAAAAGACTCTCCGGTACAGTAGTTCACCACTTAGGTTTTTGCTCAGAGCAGTTTCTCatc > 2:519640/1‑293 (MQ=255) aTGCGCAAGCATCGCGTCCGACATTATTGCGGCTCTGGATGTTGGCAACAGCGCCAGATGCGGCGCGAGCGCCTTAACCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACTACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCa < 1:556708/295‑1 (MQ=255) aTGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCa < 1:762507/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |