| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_LN832404 | 4,443,520 | T→A | 100% | S979T (TCC→ACC) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 4,443,520 | 0 | T | A | 100.0% | 292.6 / NA | 80 | S979T (TCC→ACC) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (45/35); total (45/35) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTTCCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTCCAGCGATGT‑GGTGATGCTTAACGATAACCTGCAACCGGAAGAGCCGAAAACGGCGTCGATTCCGATTAACAGTAACCTGATTGTCCACGTTGGCAACAATGTGCGCATTGACGCCTTTGGCCTGAAAGCGCGGCTGACGGGCGATCTCAATGTCGTTCAGGACAAACAAGGGCTGGGTCTGAACGGGCAGATCAACATCCCTGAAGGGCGCTTCC > NZ_LN832404/4443237‑4443811 | gCTTCAGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGt < 1:450402/295‑1 (MQ=255) aGGTTACGGGTGTGGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTGATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGCTTACCCTCGATGGTcgcct > 1:49830/1‑293 (MQ=255) tagctggtgcaTGGCACCTTTATGCCCTGGTGTATGCAGCCGTGTCTGTGTGCGTTCAACTTTACCGGTATTCGCTGGACTCTTGCCGCTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGATCGGTAATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGTCGAGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATTGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCtt < 2:257804/285‑1 (MQ=255) gtgGATATCGATGGCAACTTTATGCCGTTTTATATGCAACCGAGCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTTTGCGCGCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGTGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGGAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCtt < 1:426337/295‑1 (MQ=255) 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gCCAGCTTGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAgg < 1:792302/295‑1 (MQ=255) ttGCGGTCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAAATGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTACCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCCtctc > 1:353582/1‑295 (MQ=255) tGCGGGCAACTTTAACGGTATGCGCTCGACGCTTGCCGGTACAGTACGGACCCAGCAGGGTGAAATCTACCTGAACGGTGATGCCGACTGGAGCCAAATTGAAAACTGGCGGGCGCGGGTAACGGCGAAAGGCAGTAAAGTGCGGATCACCGTGCCGCCGATGGTACGAATGGATGTATCGCCAGATGTTGTATTCGAGGCTACACCAAACCTGTTTACCCTCGATGGTCGCGTGGATGTCCCTTGGGCGCGCATCGTGGTGCACGATCTGCCGGAAAGCGCAGTAGGCGTCTcc < 1:734324/295‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |