| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 3,326,255 | T→G | 78.7% | Y261D (TAT→GAT) | dacB → | serine‑type D‑Ala‑D‑Ala carboxypeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,326,255 | 0 | T | G | 78.7% | 213.4 / 48.9 | 94 | Y261D (TAT→GAT) | dacB | serine‑type D‑Ala‑D‑Ala carboxypeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/9); new base G (32/42); total (43/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
CGCCATAGTTGACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTG‑CCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGAAACACCATTAT > NZ_LN832404/3325972‑3326532 | ggccATAGTTGACCTCACCGGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGGGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGt < 2:1049295/289‑1 (MQ=255) atatTTGACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTaaa > 1:544529/1‑290 (MQ=255) agaGTTGACCGCAACTGTGTCTCCGTCTCGCTCTAAAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATTGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTaaa < 1:951756/288‑1 (MQ=255) gTTGACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACa > 1:172301/1‑290 (MQ=255) 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atGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTTAACCGCTTTACGCTCACGGGATGCCTGCCCCCACGTTCTGCGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTCCAGGATGGAGCCCGCTATTCCGGTGCACGTCTGAAAGATGAAGTCAAACATGCGGCTAACACCTGGCGGAGCACACCGCTGCGCCAGCCTCCGGTTTACGacac > 2:1053421/1‑287 (MQ=255) tGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGAACTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGCGCAGGATGGCGCCAGCTATGCCGGTGCAAGTCCGAAAGCTGAGTTAACACAGGCCGGTAACACCTGGTGCGGAACAACGAGGAGCCGGACTCAGGTCAACGaaacg > 2:1030772/1‑287 (MQ=255) ttttATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGACTGCCACAACGTTATGAGCAGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGAGGGTATCACATGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAAACGGGaa > 1:330711/1‑290 (MQ=255) 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tgtaggcggttGCAAGTATGAAATATTGGGTAAAACAGGCGGGTATAACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCGTACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTG‑CCAGTAAACAGC‑CGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACAGGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCAGGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGa < 2:977095/280‑1 (MQ=255) gCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTG‑CCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGAAACACCattat < 1:164927/290‑1 (MQ=255) gCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTG‑CCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGAAACACCattat < 1:868925/290‑1 (MQ=255) | CGCCATAGTTGACCGCAACTGTTTCTCCGTCTCGCTCTACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTG‑CCAGTAAACAGT‑CGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGCAAGCCGGTGTCGATATTGGAAACACCATTAT > NZ_LN832404/3325972‑3326532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |