Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_LN832404 | 701,954 | T→C | 87.5% | L357S (TTG→TCG) | nagE → | PTS N‑acetyl glucosamine transporter subunit IIABC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_LN832404 | 701,954 | 0 | T | C | 87.5% | 287.7 / 25.9 | 104 | L357S (TTG→TCG) | nagE | PTS N‑acetyl glucosamine transporter subunit IIABC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/6); new base C (47/44); total (54/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GGTATGCTGCTTTCTGTTGCTGTTACTGCGTTCCTGACCGGTGTGACTGAGCCGCTGGAATTCCTGTTCATGTTCCTTGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACA‑GCAAC‑ACTGAAGAAGGTCTGACTCAACTGGCAACCAACTATATTGCTGCGGTTGGCGGCACTGACAACCTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCCCGCGTTAACGATACGATGTGTAAACGTCTGGGTGCTTCTGGGGTAGTGAAACTGAACAAACAGACTATTCAGGTGATTGTTGGC > NZ_LN832404/701668‑702240 | ggTGTGCTGCTTGCGGTTGCGGTTCCTGCTTTCCTGACCGGTGTGACTGGGCCGCTGGAATTCCTGTTCATGTTCCTTGCTCCGCGGCTGTACCTCCGGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGt < 2:948313/290‑1 (MQ=255) 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tCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACA‑GCAAC‑ACTGAAGAAGGTCTGACTCAACTGGCAACCAACTATATTGCTGCGGTTGGCGGCACTGACAACCTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCCCGCGTTAACGATACGATGTGTAAACGTCTGGGTGCTTCTGGGGTAGTGAAACTGAACAAACAGACTATTCAGGTGAttgtt < 1:807830/290‑1 (MQ=255) gTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACA‑GCAAC‑ACTGAAGAAGGTCTGACTCAACTGGCAACCAACTATATTGCTGCGGTTGGCGGCACTGACAACCTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCCCGCGTTAACGATACGATGTGTAAACGTCTGGGTGCTTCTGGGGTAGTGAAACTGAACAAAAAGACTATTCAGGTGATTGTTGgc > 1:932838/1‑290 (MQ=255) gTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACA‑GCAAC‑ACTGAAGAAGGTCTGACTCAACTGGCAACCAACTATATTGCTGCGGTTGGCGGCACTGACAACCTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCCCGCGTTAACGATACGATGTGTAAACGTCTGGGTGCTTCTGGGGTAGTGAAACTGAACAAACAGACTATTCAGGTGATTGTTGgc < 1:108080/290‑1 (MQ=255) | GGTATGCTGCTTTCTGTTGCTGTTACTGCGTTCCTGACCGGTGTGACTGAGCCGCTGGAATTCCTGTTCATGTTCCTTGCTCCGCTGCTGTACCTCCTGCACGCACTGCTGACCGGTATCAGCCTGTTTGTGGCAACGCTGCTGGGTATCCACGCGGGCTTCTCTTTCTCTGCGGGGGCTATCGACTACGCGTTGATGTATAACCTGCCGGCCGCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGCCAACA‑GCAAC‑ACTGAAGAAGGTCTGACTCAACTGGCAACCAACTATATTGCTGCGGTTGGCGGCACTGACAACCTGAAAGCGATTGACGCCTGTATCACCCGTCTGCGCCTTACAGTGGCTGACTCTGCCCGCGTTAACGATACGATGTGTAAACGTCTGGGTGCTTCTGGGGTAGTGAAACTGAACAAACAGACTATTCAGGTGATTGTTGGC > NZ_LN832404/701668‑702240 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |