| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,123,847 | G→A | 100% | intergenic (+494/‑49) | putP → / → EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,123,847 | 0 | G | A | 100.0% | 378.1 / ‑6.7 | 100 | intergenic (+494/‑49) | putP/EK12AG100_RS05615 | sodium/proline symporter PutP/FTR1 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (52/47); minor base C (1/0); total (53/47) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
AGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTGCTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAGGGTGGGTGGCATGTTTGTTCCGTTTCTCATTATGTTGCGCGAAGGACTTGAAGCCGCGCTGATTGTCAGTTTGATTGCCAGCTATCTTAAGCGTACCCAGCGAGGCCGATGGATTGTGTGATGTGGATTGGCGTGTTGCTTGCCGCTGCGTTGTGCCTGGGCTTGGGTATCTTCATTAACGAAACCACCGGCGAATTTCCGCAAAAAGAACAGGAACTGTTTGAAGGTATCGTGGCGGTGATCGCCGTGG > NZ_LN832404/1123556‑1124135 | aGTTAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGGGCTTTACt > 1:830091/1‑294 (MQ=255) ttAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCGAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACttt < 1:569757/294‑1 (MQ=255) gtggagttGGTAAGCGCGGAGGGCCGAAATGGCTTGATACACCCGTTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGAGGCATTGAGGCTGGACAGTGTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCAGCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACttt < 2:9745/288‑1 (MQ=255) tAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACtttt > 2:765949/1‑294 (MQ=255) tAGATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATACCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGGAAGGATACTCGCTATCACGGTGATTTACtttt > 2:300535/1‑294 (MQ=255) gATTTGATAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATAAGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCAACTTTCTACCCTGGAATTATCGTTTCTATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACAATCAGCTTGTGTTTTTCTTTGCAGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACttttat > 1:795307/1‑292 (MQ=255) tAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTTATGATAATCTCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCTTa > 1:680422/1‑294 (MQ=255) tAATCGCGGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATa > 1:668304/1‑294 (MQ=255) tctgtgggggACGAAAGTGCTGGTTAGACCCGCTTATCAGTTTTCCAGTGAAGCTGTGATGCAGTGAGTCTGGACAGTTTTGGCGGCTTGGTACGGCGTGTACTCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGAt < 2:900813/286‑1 (MQ=255) cgcgGATGGACGAAATTGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGAtt < 1:37255/294‑1 (MQ=255) 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ttGCTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCACTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATCACAATCGCTATCATTTCTATTTAATTTTCTTCTCATCGATTGACCCAGAACAACgc > 2:665628/1‑293 (MQ=255) cTTGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATAACTGCGCTTTACTTTTCTTTGCATAGATTGCCTCAGAAACACGTTTa > 1:219385/1‑294 (MQ=255) ttGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGCATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTCCTTTTCTTTTCATAGTTTGACTCAGAAAAACTTTTaa > 2:414732/1‑294 (MQ=255) ttGATACACCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCATTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTaa < 1:462255/294‑1 (MQ=255) tggtACGCCCGCTTATCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCAGTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCGGGATACGGCGTTTACGCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAg < 2:289654/291‑1 (MQ=255) gATACACCCTCTGTTCAGTTTTACATGGAAGCTCTGATGCAGTGAGTCTGGACAGTTTTGTCGGCTGGATACGGCGTTTACTCGGCATCCGGCAAGAACACATGGTTCTTTGCAAACAATCCCATCTTTCTACCCTGGAATAATCGTTTATATCCCTTGGCATTACCTCTCTTTGTTTACATTCCAACATCATTTTATAAACATTCCGCTTGTGTTTTTCTTTGCCGTAATGATAATCGCTATCACTGCGATTTACTTTTCTTTGCATAGATTGACTCAGAAAAACGTTTAAgg < 1:49673/294‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |