Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_LN832404 | 1,238,949 | G→A | 18.3% | K429K (AAG→AAA) | EK12AG100_RS06230 → | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 1,238,949 | 0 | G | A | 18.3% | 161.9 / 31.2 | 71 | K429K (AAG→AAA) | EK12AG100_RS06230 | NADP‑dependent isocitrate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/27); new base A (9/4); total (40/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.00e-01 |
CTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAATCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATGGGCATATTTTTATAATGCAACTATTATGTAAACATTTATTTGTTATTTTGCTTTCTCCTGGAGGACACTCTTGACTGCTTTTGAGTAAACTCCATAAATCCTTGTTGAATGGTGCGATGTGATAA > NZ_LN832404/1238662‑1239241 | ggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:762405‑M1/139‑1 (MQ=255) ggtgactacatttctgacgccctggcagcgcaggttggcggtatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:545454‑M1/139‑1 (MQ=255) ctgcatgtcggacgccctggcagcgcaggttggcggtatcgggagcgccccttgtgcaaacatcggtgacgaatgcgccctgtttgaagccacccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATg > 2:398504‑M1/151‑294 (MQ=255) atttctgacgcccgggtagcgcggtttggcgggatcggtatcgcccctggtgcaaacatcggtgacgaatgctccctgtttgaagccccccacggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTT‑Ca > 1:509767‑M1/147‑294 (MQ=255) 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acggtactgcgccgaaatatgccggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTAtg > 1:132463‑M1/56‑294 (MQ=255) ggtcaggacaaagtaaatcctggctctattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCg < 1:819451‑M1/262‑1 (MQ=255) tagtcatctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCa > 1:754227‑M1/15‑294 (MQ=255) agtcatctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACAAGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCTTATCTAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTAAGCCcaa < 2:68108‑M1/281‑2 (MQ=255) atctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTACTTGAGCCCATATgg < 1:236784‑M1/285‑1 (MQ=255) atctaactaATGCTGCGCCATATGGGTTGGACTGAAGCGGCTGACCTGATTGTTAAAGGTATGGAAGGC‑GCAATCAATGCCAAGACCGTAACTTATGACTTCGAACGTCTGATGGAAGGCGCTAAGCTGCTGAAATGTT‑CAGAGTTTGGTGAAGCGATCATCGAAAACATGTAATCTCTCCATGTG‑TTAAATATTGAAACGGGCGTA‑TAACACGCCCGTTGTTTTATTTATGTGGATATTATTAATAGCATATCGAGCATATTTATATGAA‑GCCCATTAATTGAGcccataagg < 1:1055988‑M1/285‑4 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |