Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_LN832404 | 1,328,213 | T→A | 81.8% | Y271N (TAT→AAT) | oppA → | oligopeptide ABC transporter substrate‑binding protein OppA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_LN832404 | 1,328,213 | 0 | T | A | 81.8% | 276.8 / 54.3 | 110 | Y271N (TAT→AAT) | oppA | oligopeptide ABC transporter substrate‑binding protein OppA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/10); new base A (48/42); total (58/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.72e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACAC‑TCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCTGGAGCCAGGAAAAACG > NZ_LN832404/1327925‑1328499 | aGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGAATAAc > 1:307299/1‑294 (MQ=255) 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aaTCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTAAAC‑TCCACCGTAAACTGATGGCCCAAAATTGACTCAGCCAAAATGGTTTGGCCgggaccgaga > 2:549589/1‑286 (MQ=255) gACAGGACGAATAACAGCATGCCGAGCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATACCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACAC‑TCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCTGGAGCCAGGaaaaa < 1:501235/294‑1 (MQ=255) caataCGAATAACAGCATTACGATCGAATTGTTCCAGAAGCTTAAAAAAGAGTGCCCGGACGAAGTTCACGTTTATCCATACCTGTGCACGTACTATTACGCAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGGGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACAC‑TCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCTGGAGCCAGGAAAAACg < 2:60224/290‑1 (MQ=255) | AGTGAACCCGTTCCGTACTTCTATAAATTACTTGTTCACCCATCAACTTCACCGGTGCCAAAAGCCGCTATCGAGAAATTCGGCGAAAAATGGACCCAGCCTGGTAATATCGTCACCAACGGTGCCTATACCTTAAAAGATTGGGTCGTAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATCGACATGACGTATAACAGCATGCCGATCGAATTGTTCCAGAAGCTGAAAAAAGAGATCCCGGACGAAGTTCACGTTGATCCATACCTGTGCACTTACTATTACGAAATTAACAACCAGAAACCGCCATTCAACGATGTGCGTGTGCGTACCGCACTGAAACTAGGTATGGACCGCGATATCATTGTTAATAAAGTGAAAGCGCAGGGCAACATGCCCGCCTATGGTTACAC‑TCCACCGTATACTGATGGCGCAAAATTGACTCAGCCAGAATGGTTTGGCTGGAGCCAGGAAAAACG > NZ_LN832404/1327925‑1328499 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |