Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_LN832404 | 1,636,603 | C→T | 46.2% | A20A (GCC→GCT) | EK12AG100_RS25635 → | Rac prophage; protein YnaM |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_LN832404 | 1,636,603 | 0 | C | T | 46.2% | 34.8 / 280.3 | 195 | A20A (GCC→GCT) | EK12AG100_RS25635 | Rac prophage; protein YnaM |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAAAATCATGGCTGGATAAC > NZ_LN832404/1636311‑1636893 | cAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGACCTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTTATAATCACCTCTCTCCTTCACATATTCATCATTTTTAGTCATTccc > 2:832696/1‑294 (MQ=255) 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aGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCATAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGACGACCTATAAATACCAGAACATTGCTTGATTAAATTGAAGGAAACATAAAGaaaaaaa > 2:321461/1‑293 (MQ=255) gCATTTTTAGTCATGCTCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAGGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAACATc < 1:389210/294‑1 (MQ=255) tAGTCATACCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCAAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACCCCCTAAAGTGGTTCCCTGAGCAGCTTCCTGACGTAAGAATTATCCTAGGGGCTGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATAAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACAACAAGAAAAAATCATgcatg > 1:607507/1‑290 (MQ=255) | CAGATAAAAACTGTTATCTATGTATACTTTTAAACCCAATCCGTGTAGAGTCTCTACATAAGATAGTTTGCAGTTGCCGCTTCAGCTTGCGCCATAAACCGCCTGATTTTTGCTGCCACCTGTTAGCATTCCTGTATACCTGAAACGACAATGTTTATCTACGAACTTTAAGAACACCCAAGATAAAAATTGTCAACTATATCATATATAACACATTACTAATTCGAGGCTATATGAACAGCATACTGATAATCACATCTCTCCTTATCATATTCAGCATTTTTAGTCATGCCCTAATAAAATTAGGGATTGGCATATCCAATAACCCAGACAAAACCGATGTATAAGTCAACATATCCTGAATCAGACATACAATATCGCAATGAAAATCAATAATATTTTAAGGAATATCTTCATGAAATCAAAAGACACCCTAAAGTGGTTCCCTGCGCAGCTTCCTGAAGTAAGAATTATCCTAGGGGATGCTGTAGTGGAAGTAGCAAAACAGGGAAGACCTATCAATACCAGAACATTGCTTGATTACATTGAAGGAAACATAAAGAAAAAATCATGGCTGGATAAC > NZ_LN832404/1636311‑1636893 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |