| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 1,637,751 | C→T | 46.4% | A159V (GCG→GTG) | EK12AG100_RS08155 → | recombinase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 1,637,751 | 0 | C | T | 46.4% | 47.6 / 261.9 | 183 | A159V (GCG→GTG) | EK12AG100_RS08155 | recombinase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/50); new base T (45/40); total (93/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATTGGGGGGCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCACCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGCGGTATTCGAACGAATTAAGTCAGGTGTAAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGAATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAAACTTCAGACACCTGACATATAAAAAATAATCTCGGTGTGAGATGCTTTACGTCTTCCAAGCCCCCTTCCTTGCCGTAAATGGAAAGATACATCTAATTATAGAATTTATATGTTTTACCCTACGGCAGTGCTGGCCATTCAATATCCTGTGCAGTTGACGTATCAACACGGTTCAGCAATACCCGATACTTTTTCCATGC > NZ_LN832404/1637459‑1638044 | tggtgATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATTGGGTGGCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCTCCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAggtggt < 1:262351/294‑1 (MQ=255) 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TGTGGTGATCAATTGATTGTGACAAAACTGGATCGCCTTGGTTGTAATGCAATGGATATCAGGAAAACAGTGGAACAACTGACCGAAACAGGTATCAGAGTGCATTGCTTAGCATTGGGGGGCATTGACCTGACCAGTCCAACAGGAAAAATGATGATGCAAGTAATTTCAGCAGTCGCTGAATTTGAACGAGACCTTTTACTTGAACGCACTCATTCCGGGATAGTAAGAGCCCGCGGCGCAGGGAAACGTTTTGGTCGACCACCTGTGTTAAATGAAGAACAGAAACAGGCGGTATTCGAACGAATTAAGTCAGGTGTAAGTATAAGTGCCATTGCCCGGGAATTCAAAACCTCGCGGCAAACCATTTTAAGAGCCAAAGCAAAACTTCAGACACCTGACATATAAAAAATAATCTCGGTGTGAGATGCTTTACGTCTTCCAAGCCCCCTTCCTTGCCGTAAATGGAAAGATACATCTAATTATAGAATTTATATGTTTTACCCTACGGCAGTGCTGGCCATTCAATATCCTGTGCAGTTGACGTATCAACACGGTTCAGCAATACCCGATACTTTTTCCATGC > NZ_LN832404/1637459‑1638044 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |