Predicted mutation | |||||||
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RA | NZ_LN832404 | 2,876,939 | C→T | 77.0% | L138L (TTG→TTA) | cas5e ← | type I‑E CRISPR‑associated protein Cas5/CasD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_LN832404 | 2,876,939 | 0 | C | T | 77.0% | 242.6 / 69.2 | 117 | L138L (TTG→TTA) | cas5e | type I‑E CRISPR‑associated protein Cas5/CasD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/15); new base T (30/60); total (42/75) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CTGCTCCAGGCCCTGGCAATGATGACTTTACTGAGATACATCCATACCTCCTTTAATCACATACCATTCTCGGGAAGCAAATTGTCGAGGCAAGGTGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAG‑GTGTATACCGAGGCTTCAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTAAAGGAGGCATCACATAAATATTCGCGCCATGTTTGAATCGTTTCATGACTTTTCAAACCACGGTAATCTTCTCGCGCTCCAAGGACTGTATGGTAATCACGCAACCCCGTTACAGACACACGACGATCGTCAAGAATGAGTTCATCGCAGCGCACTGCAAATTGCACACTCTCTGATAACGCCTGTAATGAAGAAGTATCATCACGTTGGATCCCAAGACAA > NZ_LN832404/2876651‑2877227 | cTGCTCCAGGCCCTGGCAATGATGACTTTACTGAGATACATCCATACCTCCTTTAATCACATACCATTCTCGGGAAGCAAATTGTCAAGGCAAGGTGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAG‑GTGTATACCGAGGCTTCAATAc < 1:316924/294‑1 (MQ=255) 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CTGCTCCAGGCCCTGGCAATGATGACTTTACTGAGATACATCCATACCTCCTTTAATCACATACCATTCTCGGGAAGCAAATTGTCGAGGCAAGGTGATCATCGGTTCGTCGCGCGCCGTAAATTTTAAATGATGCCCTGTAACTGATTCCTCACTATATATATCGCCGCCAACGGGCTCATAATTTAATAGCGCCTTCTGAGGATCCGATGCCTGACATGTCCCCAAAAAAAGCGGGTGTGTTAGTGGGCAACTTCTCCGCCCCAGGTAAG‑GTGTATACCGAGGCTTCAATACTGCTTTTTCAAGTTCTGAGATAACCATCGTTGCATGGGGTGTTAACCAGAGAGCGACGGTAAAGGAGGCATCACATAAATATTCGCGCCATGTTTGAATCGTTTCATGACTTTTCAAACCACGGTAATCTTCTCGCGCTCCAAGGACTGTATGGTAATCACGCAACCCCGTTACAGACACACGACGATCGTCAAGAATGAGTTCATCGCAGCGCACTGCAAATTGCACACTCTCTGATAACGCCTGTAATGAAGAAGTATCATCACGTTGGATCCCAAGACAA > NZ_LN832404/2876651‑2877227 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |