| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_LN832404 | 3,292,993 | A→G | 84.9% | M25V (ATG→GTG) | yraP → | divisome‑associated lipoprotein YraP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_LN832404 | 3,292,993 | 0 | A | G | 84.9% | 262.5 / 36.7 | 106 | M25V (ATG→GTG) | yraP | divisome‑associated lipoprotein YraP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/7); new base G (44/44); total (53/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCAGTTGAAGCCGCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGATTGGTCTGGGCGAA > NZ_LN832404/3292702‑3293283 | gagtgttaaGGCGCCGTTACGCGTGGTATGACCATGGTGGCAGTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTGTGTAGGGCCACAGGTTGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTg < 2:945977/287‑1 (MQ=255) aGTTGAAGCCGCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTggg < 1:719562/294‑1 (MQ=255) gAAGCCGCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTAcc > 1:893819/1‑294 (MQ=255) gAAGCCGCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCAGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGAATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTCACGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTAcc > 1:486980/1‑294 (MQ=255) 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gCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGACGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTTGTTGGGCAGTCCCCAAATGCGGAACTTTCGGCCCGCGCCAACACGATTGCTATGGGCCTCGCAGGCGCCAACGCAGTGTATACCGAGATACGACCGGGACacgcgcacggcctg > 2:797914/1‑281 (MQ=255) tGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCCAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGGTTGCTATGGGCGTAGGCGGTGCCAACGAAGGGTACAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGAATGGGCgggg > 2:1075480/1‑294 (MQ=255) gTAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGCACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCACATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAACCAGATCGCTATGGGCGTCGCAGGTGCCCACGAAGTGTATAACGAGGTTCGTTCGCGTCAGCCGGTTGGTCTTGGCGaa > 2:180658/1‑294 (MQ=255) | GCAGTTGAAGCCGCCGTTACGCGTGATATGACCATTGTGGCATTGACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACGAAGTGTATAACGAGATTCGTCAGGGCCAGCCGATTGGTCTGGGCGAA > NZ_LN832404/3292702‑3293283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |