Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NZ_LN832404 | 4,220,111 | T→C | 100% | intergenic (‑10/‑190) | iclR ← / → metH | glyoxylate bypass operon transcriptional repressor IclR/methionine synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_LN832404 | 4,220,111 | 0 | T | C | 97.8% | 324.9 / ‑2.1 | 92 | intergenic (‑10/‑190) | iclR/metH | glyoxylate bypass operon transcriptional repressor IclR/methionine synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (38/52); total (39/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
CCGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGAACG > NZ_LN832404/4219827‑4220400 | ccGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGt < 1:439816/294‑1 (MQ=255) atcatataggctgatgCGCCGAGTGTCCAAAGATCCGGTTCGCCAACCGGGCGTACGAAACGCTGCTGT‑GGCATCCTGGTTAGCCGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGG‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATc < 2:541734/280‑1 (MQ=255) aCCGTAAGGGGATGGGCGCCGATTGCCCAAAGTCCCGGTTCGCCAACCTGACGAACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGGTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATGGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATc < 2:306394/294‑1 (MQ=255) ccATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTGTTTCTGTATCg > 1:727275/1‑294 (MQ=255) aTAAAGGCATGTGCGCCGATGGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTg < 1:522259/294‑1 (MQ=255) aaaGGCAGGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGa < 1:191498/294‑1 (MQ=255) ggCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCGATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGGTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAAt > 1:136658/1‑294 (MQ=255) 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ctgT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGGGGGGGGTAGTGGAATGGGGTAACCCGGCGTGTTGCGCCAGGTCCGTGAGG‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTGAAAGACGGACCCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTa < 2:882892/294‑1 (MQ=255) ctgT‑TGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTa > 1:860718/1‑294 (MQ=255) t‑tGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGT‑GCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGT‑GGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTTGCTAATGCAATTGTTTCTGAACTGATTCGTTGTGTTAATg > 2:554416/1‑294 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |