| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1299498 | 0 (0.000) | 54 (0.900) | 42/272 | 0.5 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
CTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCC > NC_000913_3_pae_pgi/1299350‑1299644 | cttctCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:106760‑M1/149‑1 (MQ=255) aaaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCATCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataata < 2:486881‑M1/149‑7 (MQ=255) aaaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTATACTCACCATAATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGACTTGATGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCATTTA‑‑GTAAAGGAAAGTGGTAActaata > 2:381169‑M1/1‑143 (MQ=255) aaTTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTACCTGCTTCTACTCACTATCATGTTATTTACGCAACATCATAATCCTGGGCTTGCTGACGAATAATTGAAATGATGTTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑ATAGAGGAAAGTGCTaaatgataa > 1:911442/1‑142 (MQ=255) aTTACATTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACTTCGTAATCCTGGGCTTGCTGAATAATAATTGAAATTATACTATTAATTCCACTGCATTTG‑‑GTAGAGGACACTGCTAAataataat < 2:975026‑M1/149‑9 (MQ=255) ttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa > 1:856225‑M1/1‑130 (MQ=255) ttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaa < 1:349301‑M1/149‑20 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGCAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGATAGTGCTAAataataatcacttgtttaatta > 2:439202‑M1/1‑127 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataatcatcaattgttaattta > 2:985455‑M1/1‑127 (MQ=255) taAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatta > 2:166477‑M1/1‑127 (MQ=255) ggATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGACATATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattg < 2:389682‑M1/149‑26 (MQ=255) ttCCTTAATTGCTTCTCCTCCCCATCATGTTATTTTCGCAACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTTCACTGCCTTTG‑‑GTTGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca < 2:455098‑M1/149‑30 (MQ=255) cTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTACTACGACTTCCATCGCAGTAGTGG‑‑TGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcattt < 1:1060891‑M1/149‑33 (MQ=255) aCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcact > 2:105105‑M1/1‑113 (MQ=255) tcctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaac > 1:774980‑M1/1‑105 (MQ=255) tcctcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactaatggaac > 1:682604‑M1/1‑105 (MQ=255) aCCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaa < 1:394579‑M1/149‑50 (MQ=255) catcatGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatc > 2:1069779‑M1/1‑98 (MQ=255) gTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa < 2:613913‑M1/103‑12 (MQ=255) gTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaa > 1:613913‑M1/1‑92 (MQ=255) catcatAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAGATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgctt > 2:701952‑M1/1‑79 (MQ=255) tCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatc < 1:358409‑M1/149‑79 (MQ=255) cTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctc > 2:895595‑M1/1‑69 (MQ=255) cTGAAGAATAATTGAAACGATAGTCTTCATTCCACTGCCTTTG‑‑GTTGAGGAAAGTGCTAAataataatcactcgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgctcagccaatctctatttgatt < 2:911442‑M1/149‑90 (MQ=255) gaagaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGATGAAAGTGCGAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattga > 2:259839‑M1/1‑58 (MQ=255) ggaatAAGTGAAAGGATATACATAATTTAACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaatgattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaat < 2:174410‑M1/148‑94 (MQ=255) gaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGGTAAataataatcaattgttaaattattgtgtatttaactattggaaatgtgatcaggaaagatagaaatgcttagctaatttctagttggtttaatt > 2:1069463‑M1/1‑55 (MQ=255) gaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAttaataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaatt > 1:1016106‑M1/1‑55 (MQ=255) gaaTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgaatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagacaatctctatttgattgcatt > 1:1028142‑M1/1‑55 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt < 1:576649‑M1/70‑25 (MQ=255) aaaTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt > 2:576649‑M1/1‑46 (MQ=255) aTGAGATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GGAGAGGAAAGTGGTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgttt < 2:524559‑M1/149‑106 (MQ=255) atatTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgtt < 1:105105‑M1/149‑109 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaa < 1:439202‑M1/149‑111 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtattctgaaaagatagaaatgcttagccaatctctatttgattgaattgaacgatgtttgttaag > 2:555706‑M1/1‑38 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgca > 2:931060‑M1/1‑38 (MQ=255) ttattaATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgctaaattattgtgca < 1:931060‑M1/67‑30 (MQ=255) tattaATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaatcgaaagatgtttgttaagg > 2:735611‑M1/1‑37 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata > 2:21161‑M1/1‑35 (MQ=255) ttaATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagata < 1:21161‑M1/96‑62 (MQ=255) tCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggat < 1:701952‑M1/149‑120 (MQ=255) tCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggat < 1:166477‑M1/149‑120 (MQ=255) aCTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTGAataataatcaattgttaaaatattgtgcatttcactactataactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgatagatgtttgttaaggcatggatgca > 1:975800‑M1/1‑27 (MQ=255) tGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaag > 1:207924‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaag > 2:289806‑M1/1‑25 (MQ=255) tGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaag < 2:207924‑M1/149‑125 (MQ=255) ccTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc < 1:424018‑M1/96‑74 (MQ=255) ccTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc > 2:424018‑M1/1‑23 (MQ=255) gtttg‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagcta < 2:517264‑M1/148‑128 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggcactcgggcgagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattct < 1:1056746‑M1/149‑136 (MQ=255) gagGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattct < 1:895595‑M1/149‑136 (MQ=255) agGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctg > 2:582537‑M1/1‑13 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgat > 1:478447‑M1/1‑11 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggt < 2:856225‑M1/149‑144 (MQ=255) tGCTAAataagaacaaattgttcaattattgggcatttcactcctggaacggtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggt < 1:175529‑M1/149‑144 (MQ=255) ggcTAAagaataatcaagtgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacaggcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggt < 2:81079‑M1/148‑144 (MQ=255) tAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtcaa > 1:804264‑M1/1‑3 (MQ=255) | CTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG‑‑GTAGAGGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTCC > NC_000913_3_pae_pgi/1299350‑1299644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |