| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_pae_pgi | 1,299,499 | Δ1,199 bp | intergenic (+254/‑485) | ychE → / → oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_pae_pgi | 1299499–1300696 | 1300697 | 2–1199 | 46 [0] | [0] 46 | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1299498 | 0 (0.000) | 45 (1.150) | 44/272 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑1684) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+1453/‑484) | ychE/oppA | UPF0056 family inner membrane protein/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
TCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTC > NC_000913_3_pae_pgi/1299354‑1299643 | tcAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataa < 1:653097‑M1/149‑5 (MQ=255) aaaTTACAGTTAGTTATAGGTATGTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCTCATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAATTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataata < 2:650929‑M1/149‑7 (MQ=255) tgacaTTTAGTTATAAGTATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGTTTGCTGAAGAATAATGGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatc < 2:102584‑M1/147‑10 (MQ=255) tagttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgtt < 1:238688‑M1/149‑17 (MQ=255) ttaTAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTAACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTTCCTTT‑TCAGATGGAAAGTGCCAAataataatcaatacttaat > 2:164082‑M1/1‑130 (MQ=255) aGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattatt > 2:2474‑M1/1‑125 (MQ=255) ggATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCGGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAaaaataatcaattgttaaatgataa > 2:421906‑M1/1‑124 (MQ=255) ccTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAa > 1:598268‑M1/1‑118 (MQ=255) ccTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAa < 2:598268‑M1/119‑2 (MQ=255) ttAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttc > 1:102586‑M1/1‑116 (MQ=255) tAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAACGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttca < 1:533636‑M1/149‑35 (MQ=255) aaCTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcac > 1:655901‑M1/1‑114 (MQ=255) cTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattcttgtgcatttcacta > 1:433459‑M1/1‑112 (MQ=255) tGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCG‑CACGTTATCGATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactac > 1:534172‑M1/1‑111 (MQ=255) ttCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactgg > 1:327839‑M1/1‑108 (MQ=255) tcctcGCCATCATGTTATTGTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaac < 1:55032‑M1/149‑45 (MQ=255) cctcAACCTTATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑TGAAAGTGCTCAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaact < 2:355705‑M1/149‑46 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataa < 1:453602‑M1/109‑8 (MQ=255) tcACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataa > 2:453602‑M1/1‑102 (MQ=255) aCCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg > 2:608186‑M1/1‑100 (MQ=255) aCCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactg < 1:608186‑M1/140‑41 (MQ=255) catcatGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAAGGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttaactactggaacagtaatc > 1:677515‑M1/1‑98 (MQ=255) atcatGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTACTTCCGCTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaatcattaaattattgtgaattttactactggacctgacatcc > 2:285485‑M1/1‑97 (MQ=255) ttATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaag > 1:412158‑M1/1‑91 (MQ=255) tttCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatag > 1:154649‑M1/1‑87 (MQ=255) ttCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagataga < 1:144101‑M1/149‑64 (MQ=255) tacttcat‑aatcCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgc < 2:165002‑M1/145‑69 (MQ=255) cacaTCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcaaaaacgataaacatgc > 2:112080‑M1/1‑81 (MQ=255) actccTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTACTTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttgcattattgtgcattttactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaa < 1:285485‑M1/147‑77 (MQ=255) cTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaagctc > 1:567901‑M1/1‑69 (MQ=255) gCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacattcttagccaatctctatt > 1:425977‑M1/1‑65 (MQ=255) cTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttacccaatctctattggctt > 1:2905‑M1/1‑60 (MQ=255) aataatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattg > 1:17827‑M1/1‑54 (MQ=255) taatTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaa < 2:17827‑M1/149‑98 (MQ=255) aTGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgttt < 1:112080‑M1/149‑106 (MQ=255) tGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgagttgaaagatgtttg > 2:576302‑M1/1‑43 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgt < 2:416484‑M1/146‑108 (MQ=255) attattAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgt > 1:416484‑M1/1‑39 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc > 2:57315‑M1/1‑28 (MQ=255) cACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagc < 1:57315‑M1/101‑74 (MQ=255) tGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaag < 1:502945‑M1/149‑125 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgat > 2:72138‑M1/1‑11 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgctta < 1:613443‑M1/82‑72 (MQ=255) gAAAGTGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgctta > 2:613443‑M1/1‑11 (MQ=255) tGCTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggt < 2:327839‑M1/149‑144 (MQ=255) cTAAataataatcaattgttaaattattgtgcatttcactactggaactgtaatcagaaaagatagacatgcttagccaatctctatttgattgaattgaaagatgtttgttaaggcatggatgcaagctatagattctgatacggtca < 2:154649‑M1/149‑146 (MQ=255) | TCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCAT‑AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGA‑GGAAAGTGCTAAGGAAGGTGCGAACAAGTCCCTGATATGAGATCATGTTTGTCATCTGGAGCCATAGAACAGGGTTCATCATGAGTCATCAACTTACCTTCGCCGACAGTGAATTCAGCAGTAAGCGCCGTCAGACCAGAAAAGAGATTTTCTTGTC > NC_000913_3_pae_pgi/1299354‑1299643 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |