| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,730,894 | 0 | G | C | 30.6% | 771.2 / inf | 341 | noncoding (264/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (157/79); new base C (25/79); total (182/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCC > NC_000913/2730810‑2731031 | cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGaa < 1:1465316/141‑1 (MQ=11)cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGaa < 2:1694832/141‑1 (MQ=11) gAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcccc < 1:1645477/141‑1 (MQ=32) gAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcccc < 1:901565/141‑1 (MQ=32) aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTccccc > 1:247030/1‑141 (MQ=32) cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCctct > 2:1968638/1‑141 (MQ=32) gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTg < 2:599847/141‑1 (MQ=32) gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCt > 1:1368434/1‑141 (MQ=32) gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggccc > 1:757169/1‑138 (MQ=11) gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTg > 2:1974729/1‑141 (MQ=32) gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggcccgt < 1:1108303/141‑6 (MQ=11) tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGc < 1:347038/141‑1 (MQ=32) tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggcccgta < 1:159682/141‑7 (MQ=11) tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAAGCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggcccgta < 1:1583797/141‑7 (MQ=11) tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa > 2:1301159/1‑141 (MQ=32) tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTAGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa > 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tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTa < 1:318548/141‑1 (MQ=34) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTa < 1:1909669/141‑1 (MQ=34) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTa < 1:1553341/141‑1 (MQ=34) ggTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGc > 1:498970/1‑141 (MQ=34) gatCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGc > 1:100175/3‑141 (MQ=21) tCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCg < 1:1876317/141‑1 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cTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTAt < 1:679986/141‑1 (MQ=2) cTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTAt < 1:707261/141‑1 (MQ=2) cTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTAt < 1:72730/141‑1 (MQ=2) cTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTAt < 1:298978/141‑1 (MQ=2) ggATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccc > 1:1386611/1‑141 (MQ=2) gATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATccccc < 1:1894655/141‑1 (MQ=2) 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(MQ=34) gtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCa > 1:581850/1‑141 (MQ=34) gtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTGTCCAGTAGTTATCCCCCTCCa > 2:1526388/1‑141 (MQ=21) gtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGGTTCCTGTAGTTATCCCCCGCCa > 2:245905/1‑141 (MQ=255) gtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTGATcccccacat > 2:830778/1‑137 (MQ=11) gtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacat > 2:979627/1‑137 (MQ=11) gtcgCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacat > 1:1857908/1‑137 (MQ=2) gtcgCCTAGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCa > 2:1485175/1‑141 (MQ=21) gtcgCCTAGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCa > 2:565960/1‑141 (MQ=21) tcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCAt > 2:666926/1‑141 (MQ=34) cgCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacatca < 1:822524/141‑7 (MQ=2) gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCa < 1:540355/141‑1 (MQ=34) gCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacatcag < 1:1724424/141‑8 (MQ=2) ttGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGc < 1:335332/141‑1 (MQ=34) ggTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAg < 1:1737705/141‑1 (MQ=34) ggTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAg < 1:1191158/141‑1 (MQ=34) ggTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATCCCCC‑ACATCAgggcaa < 1:1267256/141‑5 (MQ=2) gAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTCGGTATCCCCCTCCATCAGGCAGCtt > 1:356327/1‑141 (MQ=255) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:985831/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1089064/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1029376/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1022529/1‑141 (MQ=37) | CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCC > NC_000913/2730810‑2731031 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |