| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,730,900 | 0 | C | T | 28.8% | 783.7 / 293.3 | 358 | noncoding (258/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (158/96); new base T (25/78); total (183/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATT > NC_000913/2730810‑2731039 | cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGaa < 1:166317/141‑1 (MQ=11)cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGaa < 1:1267970/141‑1 (MQ=11)cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGaa < 1:1596084/141‑1 (MQ=11) gAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcccc < 1:901565/141‑1 (MQ=32) 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(MQ=21) gtcgCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacat > 2:979672/1‑137 (MQ=11) gtcgCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacat > 2:1287811/1‑137 (MQ=2) gtcgCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacat > 1:573068/1‑137 (MQ=2) gtcgCCTAGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCa > 2:1585434/1‑141 (MQ=21) cgCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacatca < 1:1455206/141‑7 (MQ=2) gCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCa < 1:1888353/141‑1 (MQ=34) ggTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAg < 1:1527894/141‑1 (MQ=34) ggTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAg < 1:1413959/141‑1 (MQ=34) ggTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAg < 1:1191471/141‑1 (MQ=34) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:985831/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1029376/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1022529/1‑141 (MQ=37) tACCCCACCAACAAGCTCATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGAc < 2:878931/141‑1 (MQ=37) tACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGAc < 1:217189/141‑1 (MQ=37) tACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGAc < 2:679175/141‑1 (MQ=37) | CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATT > NC_000913/2730810‑2731039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |