| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,730,908 | 0 | A | T | 27.0% | 1102.8 / inf | 463 | noncoding (250/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (193/143); new base T (12/112); total (205/258) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-22 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 480 total aligned reads displayed.
CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACTCACCCG > NC_000913/2730810‑2731048 | cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGaa < 1:1618019/141‑1 (MQ=11) gTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGt > 1:1925433/1‑141 (MQ=11) gAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcccc < 2:1785329/141‑1 (MQ=32) gAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTcccc < 1:407537/141‑1 (MQ=11) aGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTccccc > 2:2326220/1‑141 (MQ=32) gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcccccg > 2:39474/1‑140 (MQ=17) cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCctct > 2:248445/1‑141 (MQ=32) cTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCctct > 1:1306044/1‑141 (MQ=32) gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCt > 1:1987707/1‑141 (MQ=32) gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCt > 1:233850/1‑141 (MQ=32) gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggccc > 1:1254650/1‑138 (MQ=11) tgtCTCAGTTCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAGGCCCGAAGGTCCCCTGCtttctcccg < 1:1193626/141‑7 (MQ=2) gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggcccgt < 1:472251/141‑6 (MQ=11) gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTggcccgt < 1:1002591/141‑6 (MQ=11) gtCTCAGTTCCAGTGTGACTGATCATCCTCTCAGACCAGTTACGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCATTACCCCACCAACTAGCTAATCCGACCTAGGCTCATCTGATAGCGCAAGGCCCGAAGGTCCCCTGCtttctcccgt < 1:1320535/141‑8 (MQ=2) tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGc < 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< 1:956083/141‑1 (MQ=34) tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCgg < 1:542363/141‑1 (MQ=34) tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTa < 2:836617/141‑1 (MQ=34) ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGAAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAt > 1:1071172/1‑141 (MQ=21) gacTGATCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAt > 1:255132/3‑141 (MQ=21) cATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTAc < 1:2083575/141‑1 (MQ=34) 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1:248076/141‑8 (MQ=2) gCCTTGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATcccccacatcag < 1:220734/141‑8 (MQ=2) tGGTGAGCCCTTACCTCACCAACTAGCTAATCCCACCTAGGCATATCCTGACGCGAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGCCCGTAGGCATCATGCGGTATTAGCCATCGTTTCCAATGGTTATCCCCC‑ACATCAgggca < 2:1040991/141‑4 (MQ=2) ggTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAg < 1:1243008/141‑1 (MQ=34) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTCTCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1122298/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:642174/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 1:1486046/1‑141 (MQ=37) gCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTcc > 2:46492/1‑141 (MQ=37) tACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGAc < 1:1011313/141‑1 (MQ=37) caccaACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACCTTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTAc > 1:315792/1‑141 (MQ=21) caccaACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTAc > 1:801194/1‑141 (MQ=37) accaACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACt > 2:2211158/1‑141 (MQ=37) ccaACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACTc > 2:2519861/1‑141 (MQ=37) aacaaGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACTCAc < 1:367292/141‑1 (MQ=37) aaGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACTCACCCg > 2:689258/1‑141 (MQ=35) aaGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACTCACCCg > 2:1658807/1‑141 (MQ=35) | CCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCAGCTTCCCAGACATTACTCACCCG > NC_000913/2730810‑2731048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |