| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 537,971 | A→T | G113G (GGA→GGT) | ybbW → | putative allantoin transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 537,971 | 0 | A | T | 84.9% | 470.7 / 65.9 | 166 | G113G (GGA→GGT) | ybbW | putative allantoin transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/11); new base T (101/39); total (116/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCGGGGTCACTGGCCTGCTTGATTCTGATTGGCAAAATCTGGCCGGGATTTTTAACTCTCGGTGGTGATTTCACTCTGTTAGGCCTTTCTCTACCGGGCTT > NC_000913/537834‑538108 | cTCAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTAtt > 2:2296714/1‑141 (MQ=255) cAGCGCCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTgc > 1:1474404/1‑141 (MQ=255) cgcCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTgccgc > 2:2042791/1‑141 (MQ=255) cgcCTTTTTCATTGCCGCGGTAATGGTATTAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGAATTgccgc > 2:1915489/1‑141 (MQ=255) 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2:2126701/1‑141 (MQ=255) tAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTAcg > 2:1867611/1‑141 (MQ=255) tAAACGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTAcg > 1:447286/1‑141 (MQ=255) aaaCGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTAcgc > 2:452479/1‑141 (MQ=255) aCGGTGCTGCGGGCAGTAAAGACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCgg < 2:114784/141‑1 (MQ=255) cGGTGCTGCGGGCAGTAAATACGGTGTGCCTTTTGCCATGATCCTGCGTGCTTCTTACGGTGTACGTGGTGCACTGTTTCCCGGATTATTAAGGGGCGGTATTGCCGCCATCATGTGGTTTGGTTTGCAATGTTACGCggg < 2:734151/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |