| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2298095 = | NA (NA) | 12 (0.150) | 8/274 | 10.8 | 18.9% | noncoding (200/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | CP009273 | 2298176 = | 54 (0.620) | noncoding (281/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT > CP009273/2298028‑2298322 | cACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCCGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTg > 2:1378705/1‑149 (MQ=18) gcgccgcATCCGACATCCAACCCCCGAGCCGGTTGCCGGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 2:138425/148‑1 (MQ=255) ccgcggcATCCGACATCCACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 2:974478/148‑1 (MQ=17) aCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCTACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:1084562/149‑1 (MQ=17) aCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 2:1300970/149‑1 (MQ=32) aCGCCGCATCCGACATCCAACCCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGc < 1:1309207/149‑1 (MQ=17) aCGCCACATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCCGCTTGTGCGGCCTGCAGGGATGGGGAGTGGTTGCCCGTGTAGGTCGGGGAGGGCGCCGACGCAGCATCCGACAAATAACGCCCAAGCCGGTTGc > 2:313885/1‑149 (MQ=2) cgccgcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGcc < 1:173846/149‑1 (MQ=32) gccgcATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCCGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCt < 1:1378705/149‑1 (MQ=17) gcATCCGACATCCAACGCCCGGGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTCTAAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGAt < 1:700303/149‑1 (MQ=255) ccGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGGCGTGCTCCACCCCGTGGGTCGGCTAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGa > 2:602270/1‑149 (MQ=11) ccGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGa < 1:1376867/149‑1 (MQ=32) cGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGTGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGAc < 1:402005/149‑1 (MQ=17) gACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACg > 2:801832/1‑149 (MQ=32) cATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCt < 1:313885/149‑1 (MQ=32) cAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCATACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGGGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGGTGCGGCGCGGgcg > 1:440055/1‑149 (MQ=11) gCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc < 1:801832/149‑1 (MQ=31) ccccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCCCTCCACCGCTCTGACGTGCTCCACCCCGTAGGCTGGATAAGGCGGTAACGCCGCATCCg > 2:1047074/1‑149 (MQ=11) ccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACTCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGAc < 1:461111/149‑1 (MQ=17) cGTAGGTCGGATAAGGCGGTTTCGCCGCATCCTACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGTTGTGCAGTTCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACa < 1:706737/149‑1 (MQ=11) ggaGGTCGGATAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCTACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt < 2:916451/147‑1 (MQ=255) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGGCATCCAAc > 1:61170/1‑149 (MQ=21) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc < 1:75013/149‑1 (MQ=25) tCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTGGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAAc < 2:166373/149‑1 (MQ=25) ggATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGt > 1:897249/1‑149 (MQ=35) aaGGCGGTTACGCCGCATCCGCCATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGa < 1:59547/149‑1 (MQ=255) aaGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGGCCgg > 1:292055/1‑148 (MQ=21) gCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGGGCTCCGCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTCCGCCGCACCCGACATCCAACCCCCGAGcc > 1:686673/1‑149 (MQ=11) gCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCATGCACCGACTCGGGCGAGTCTTAGCATGCCTACCCCGCTGCGAAGTGCTCCACCCCGTAGGCTGGCTAAGGCGGCTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCAAGcc > 1:1065287/1‑149 (MQ=11) cGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCg < 1:146329/149‑1 (MQ=39) ttACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGtt < 2:897249/149‑1 (MQ=38) gccgcATCCGACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAGCGCTGTGACGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCt < 1:1266229/149‑1 (MQ=255) gccgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGGCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCt > 2:1173559/1‑149 (MQ=37) ccgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGcccg > 1:864488/1‑147 (MQ=38) cgcATCCGACATCTACCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGa < 1:1284475/149‑1 (MQ=255) cgcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGGTGCCTgg > 1:1199891/1‑148 (MQ=37) gcATCCGACATCTACCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGAt < 1:386367/149‑1 (MQ=255) gcATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGAt < 1:602270/149‑1 (MQ=39) cATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 1:328476/149‑1 (MQ=39) cGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTg > 2:764138/1‑138 (MQ=18) aTCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGGAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGGCCGAGCCGGTTGCCTGCTGCGACGCTg > 2:544597/1‑149 (MQ=255) aTCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGACGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGGCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTg > 2:1262200/1‑149 (MQ=21) aaCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATCAGGCGTTTACGCCCCACCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGTCTGATGCGACGCTGgcgc < 1:1065450/149‑1 (MQ=11) cGCCCAGGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTAATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 2:1199891/149‑1 (MQ=255) cGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTg > 1:969958/1‑128 (MQ=39) gCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc > 2:425073/1‑149 (MQ=38) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCGCCCCGTAGGGTGGATGAGGCGGTTGCGCTGCATCCGACACGTAACGTCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGGCGCTGGCGCGTCTTAt > 2:418307/1‑149 (MQ=11) aaGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt > 2:562657/1‑149 (MQ=38) acccGGTTGCCCTACGCGACGCTCGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATc < 2:935159/147‑1 (MQ=11) gCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTACCAGTCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGCCATCCAACGACCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCa > 2:678323/1‑149 (MQ=11) ccGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGCCATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCAGATCGGAAGCGGgcggggctgggcag > 2:1357625/1‑138 (MQ=11) cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGcgcgaactatccgc > 2:685216/1‑139 (MQ=255) ggTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTGCGCCGCAGCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGc < 1:1363849/149‑1 (MQ=255) ttGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCGGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAGCGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCt > 2:1221612/1‑149 (MQ=255) | CACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCT > CP009273/2298028‑2298322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |