| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP009273 | 2507756 = | NA (NA) | 131 (1.190) | 94/284 | 0.0 | 94.4% | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase |
| ? | CP009273 | = 3052017 | 8 (0.070) | intergenic (‑248/+8) | serA/rpiA | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/ribose 5‑phosphate isomerase, constitutive | |||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGG > CP009273/2507616‑2507895 | cTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCt < 1:948070/149‑1 (MQ=255) gaatgaaGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAg < 2:1576879/143‑1 (MQ=255) aatgaaGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAAc < 1:1659156/149‑1 (MQ=255) gaaGGGCCAGGTAACGCGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCt < 2:815502/143‑1 (MQ=255) aaGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGACGGGGATCATTCCCATAAGCGCTAACTTaa > 1:1563656/1‑149 (MQ=255) tagCAAGTTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCGGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAgg < 1:160192/148‑1 (MQ=255) gagCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAgg > 1:578159/1‑149 (MQ=255) agCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGGTAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAggg > 1:808551/1‑149 (MQ=255) agCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACt > 2:859054/1‑143 (MQ=255) aaaGGTAACGTGGTTTCGCGCTTCGGTCGGAAGCTGGTGTATGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTa > 2:1475803/2‑143 (MQ=255) aaCGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGAGGTa > 1:1110998/1‑149 (MQ=255) aaCGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGAGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCAATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTa > 1:1087592/1‑149 (MQ=255) cGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTCAGACCACACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTtgt < 2:1137460/143‑1 (MQ=255) cGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAtt > 1:480551/1‑149 (MQ=255) gTGGTTTCTCGCTTCGGTCAGAAGATGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACATAAGGGTtgtg > 2:633578/1‑143 (MQ=255) tGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTAc > 1:471263/1‑149 (MQ=255) gTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGc < 1:508666/149‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGGGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAGGACCATACGTAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTAGGGGGATTACGc > 1:478642/1‑149 (MQ=255) tttCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTAt < 2:226972/143‑1 (MQ=255) ttCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:1536567/1‑149 (MQ=255) ttCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:1444730/149‑1 (MQ=255) ttCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt > 1:526296/1‑149 (MQ=255) tcctcGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCGGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 1:71327/147‑1 (MQ=255) tcGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGATGTGGTATTACGCCTG‑at > 1:422931/1‑149 (MQ=255) cGCTGCGGTGTGAAGCGGGTTGACGGCTCTCCCCTGGTGGGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAGAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCTCTAACTTAGGGGTTGTGGTATTACGc < 2:56265/143‑1 (MQ=255) cTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCt < 2:1187054/143‑1 (MQ=255) atCGGTCTTATGCTGGTTTTCGGCTCTACCCTGGTGCGTTTGCTGTCTGCGTCATTCGCAGCACCGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGa < 1:443126/148‑1 (MQ=37) ggTCTGAAGCTGGTTGACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGAttt < 1:557576/149‑1 (MQ=255) gTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGGGTGCTGTCTGCGTCGATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGGTAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGGTGTGGTATTAGGCCAG‑atat > 2:1138496/1‑143 (MQ=39) tCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATg < 2:1708042/143‑1 (MQ=255) cTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCGGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGAGCTAACTTAAGGGTTGTGGGATTACGCCTG‑ATATgg > 2:454347/1‑142 (MQ=255) gAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGAtt < 2:1616205/143‑1 (MQ=255) aaGGTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTg < 1:1842132/149‑1 (MQ=255) aaGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGAttt < 2:1221742/143‑1 (MQ=255) aaGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGATATTACGCCTG‑ATATGAttt < 2:738613/143‑1 (MQ=255) aGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGc < 1:1545065/149‑1 (MQ=255) ttACGGCTCTCACCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGaa < 1:568839/149‑1 (MQ=255) ttACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAACAAAGCCGGGGATAATTCCCATCAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGaa < 1:333852/149‑1 (MQ=255) ttACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGaa < 1:1785255/149‑1 (MQ=255) 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cagcaCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAtta > 1:1374023/1‑148 (MQ=255) caCTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATACGCGCTCCCTCAAGGGAAGTGGTATTACGCCTGAACAAAAAATAA‑GAGCCGAGCAACTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCGGGCCCaca > 2:1694128/1‑141 (MQ=16) caCCGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGAGACCACACCAATGGTCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTa < 1:626023/149‑1 (MQ=14) cgggTGCTGTAAGACCATACATAATGAAGCCGGGGATAATTCCCATCAGCGCTTACTTAGGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATATCTGTGCAGTAATTCTGGCCCATAtt < 2:15165/141‑1 (MQ=17) tGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTg < 2:433880/143‑1 (MQ=255) 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gACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCGCGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCgaa > 2:1200811/1‑143 (MQ=255) catacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGTTCGGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGAt > 1:148226/1‑149 (MQ=255) atacataAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTCGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATCTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCACCCATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGACGAAc > 2:385645/1‑143 (MQ=14) acaaaAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTg < 2:733377/143‑1 (MQ=255) taAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCg < 1:1892836/149‑1 (MQ=255) aaaaaaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATa > 2:709906/1‑143 (MQ=255) aaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACg > 1:941907/1‑149 (MQ=39) aaGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACCATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTc < 2:200367/143‑1 (MQ=38) aGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACTATAACTGGTCAGCAATACTGGCCCATATTGGTAAGCCAGAAGAACTGGATACTTCGGCACGt < 1:1423489/149‑1 (MQ=255) ccGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGc < 2:365115/143‑1 (MQ=35) cGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTCACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATAGTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCa > 2:101337/1‑143 (MQ=25) ggggATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATg > 1:1436918/1‑149 (MQ=35) ggATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTCCGGCACGt > 2:192063/1‑143 (MQ=25) gATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCg < 1:1667297/149‑1 (MQ=34) gATAATTCCAATAAGCGTTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCg < 1:1667019/149‑1 (MQ=21) aTAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCgg > 1:289911/1‑149 (MQ=33) | CTGAATGAAGAGCAAGGTAACGTGGTTTCTCGCTTCGGTCTGAAGCTGGTTTACGGCTCTACCCTGGTGAGTGTGCTGTCTGCGTCAATCGCAGCACTGGTGCTGTAAGACCATACATAAAAAAGCCGGGGATAATTCCCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGTGGTATTACGCCTG‑ATATGATTTAACGTGCCGATGAATTACTCTCACGATAACTGGTCAGCAATTCTGGCCCATATTGGTAAGCCCGAAGAACTGGATACTTCGGCACGTAATGCCGG > CP009273/2507616‑2507895 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |