| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979268 | 1979278 | 11–776 | 65 [0] | [0] 65 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 63 (1.470) | 53/266 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
AATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978358‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG > NC_000913/1979279‑1979417 AATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAAGGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCATTTACTTAACGTAAA > 1:718249/1‑143 ATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT < 1:145600/143‑1 CTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAA < 2:733890/143‑1 tcACACTTATCCAACATTTTTCCTAAACCGACGCAACTGCACTCGTCACCACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGT < 1:121321/141‑1 ACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGTCGCGTACTTTAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATA > 1:600250/1‑143 TTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACT < 1:781721/143‑1 TAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGT > 2:457026/1‑143 TAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCAGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCGATTACTTAACATAAATGTGTGAGTCATAatatcgt > 2:332084/1‑136 AAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGCGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGACCTAATTTTGTT > 2:470427/1‑143 ATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTCCACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTG > 1:787858/1‑143 TTTTTCCTAAATCGCCGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 1:23501/143‑1 TTTCTCCTAAATTGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGGACA‑TACAACGGGGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACGTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 2:343128/143‑1 gTTCCTAACTCGACGCAGCTGTACTCGTTACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGT < 2:457497/142‑1 CTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACAAG‑ACAGAACAATGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTGTTGTTTTGGGTGTAT > 1:788643/1‑143 TAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATT < 2:351051/143‑1 TAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTAAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGGGTATT > 1:707372/1‑143 ATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCA < 1:372129/143‑1 ATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCA > 1:209464/1‑143 ATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTGTTGTTTGGGGTGTATTTCA > 1:30419/1‑143 CGAGGCAACTGTACTCGGCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAAT < 1:810397/143‑1 CGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAAT < 2:645909/143‑1 AACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA > 1:368758/1‑143 GTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGCTAAAAA > 1:632627/1‑143 GTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTATGATTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAA > 2:646847/1‑143 TCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACAGAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTC > 1:516962/1‑143 CACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATGTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACG > 1:553056/1‑143 GCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTA > 1:510741/1‑143 ACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > 1:46475/1‑143 CA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTCAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCA < 1:716057/143‑1 CAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCA > 1:99005/1‑143 AACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCACTCTTCTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTCGCAACCAt > 1:558226/1‑142 GGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAA > 1:398784/1‑143 agttcctCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAA < 2:486407/136‑1 GCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACGGAAAACACACAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGTTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCTCTACGCTAGCAAGCAAAAATCAAACAa > 2:590354/1‑142 GCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGGTTAGGGTGTATTTCAATCTGTTACAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAG > 2:203741/1‑143 TGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGA < 2:354407/143‑1 ctATTTTAAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCACTTACTTAACATAAATGCATAAGCCACACTCTCGTTTTCAGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAAT < 1:404986/141‑1 ATTTTAAATACTGCGTGATGCAGCTCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAA < 2:313153/143‑1 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CAGATCACACAAAACACTCAAGTTCTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCA < 2:826198/143‑1 tATCACACAAAACACTCAATTACATAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACA < 1:388983/142‑1 GATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACA < 2:516962/143‑1 ATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAG > 1:731969/1‑143 ACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCA > 2:226080/1‑143 CACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAA > 1:718114/1‑143 ACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAA > 1:718504/1‑143 ACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAATCAAA > 2:379631/1‑143 CAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAA < 1:643599/143‑1 AAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCtattt > 1:182091/1‑138 AACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAACAGTTTTGCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAA < 2:449753/143‑1 CACTGAATTCCTTAACATAAATGTATACGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTGTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACT < 1:79471/143‑1 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TTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATA > 2:730712/1‑143 TAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAA < 1:545495/143‑1 AACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAAT > 1:685735/1‑143 AATGTATAAGTCATACTTTTGTGTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAACAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG < 1:605798/143‑1 AATGTATAAGTCATACTTGTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG < 1:142489/143‑1 AATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978358‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG > NC_000913/1979279‑1979417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |