| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979268 | 1979278 | 11–776 | 65 [0] | [0] 65 | insB1–insA | insB1,insA |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 63 (1.470) | 53/266 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
CTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGC > NC_000913/1978365‑1978641 | cTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataa < 2:733890‑M1/143‑6 (MQ=255) tcacacttATCCAACATTTTTCCTAAACCGACGCAACTGCACTCGTCACCACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagt < 1:121321‑M1/141‑8 (MQ=255) acTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGTCGCGTACTTTAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcata > 1:600250‑M1/1‑132 (MQ=255) ttATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatact < 1:781721‑M1/143‑14 (MQ=255) tAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgt > 2:457026‑M1/1‑125 (MQ=255) tAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCAGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCGATTACTTAACATAAATGtgtgagtcataatatcgt > 2:332084‑M1/1‑125 (MQ=255) aaGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGCGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagacctaattttgtt > 2:470427‑M1/1‑124 (MQ=255) aTTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTCCACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttg > 1:787858‑M1/1‑121 (MQ=255) tttttCCTAAATCGCCGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACA‑TACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGtataagtcatacttttgttttgg < 1:23501‑M1/143‑24 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |