| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2726829 | 150 (1.160) | 3 (0.020) | 3/244 | NT | 2.1% | intergenic (‑256/+86) | USA300HOU_2581/USA300HOU_2582 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000730 | = 2726876 | 130 (1.050) | intergenic (‑303/+39) | USA300HOU_2581/USA300HOU_2582 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGG > CP000730/2726689‑2726969 | cAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAat < 2:1288581/141‑1 (MQ=255) aaataTGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACGAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATAttt > 1:127798/1‑141 (MQ=255) aataTGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATAtttt < 2:367912/141‑1 (MQ=255) atatGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATAttttt > 1:1002199/1‑141 (MQ=255) tatGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACTAATATTTTTa > 2:1437774/1‑141 (MQ=255) tatGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTa > 2:1523803/1‑141 (MQ=255) atGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTATACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTAt < 2:944118/141‑1 (MQ=255) tGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTAtt > 1:246227/1‑141 (MQ=255) tGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTGTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTAtt < 2:985853/141‑1 (MQ=255) gTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTg > 1:886541/1‑141 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aTTTAATTGAAAAAAAAGTTAAAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTATTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAAAAATAAAAACGCAAACAAATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCg < 2:583845/141‑1 (MQ=255) gAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCAt > 2:874571/1‑141 (MQ=255) gAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCAt > 1:1120034/1‑141 (MQ=255) aCAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTg > 1:1144236/1‑141 (MQ=255) cAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGt < 1:21894/141‑1 (MQ=255) aaaGTTATAAAATCACTTTTAGTGGAACTCAGCCTTGGTGTACAGTACAGAAATTAACAATAGCGATGAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTaaa < 1:908603/141‑1 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2:149465/1‑141 (MQ=255) tCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCtgtgcgtttttattgttggaaaaaaaaattttaactgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgaat < 1:1222771‑M2/141‑75 (MQ=255) tCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGa < 1:196277/141‑1 (MQ=255) ccAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGaa < 1:1125883/141‑1 (MQ=255) aTAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTaactaact > 2:343270/1‑104 (MQ=255) aTAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTaactaact < 1:343270/104‑1 (MQ=255) aaaaaCGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAac > 2:1054185/1‑141 (MQ=255) 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2:344633‑M1/1‑5 (MQ=255) gCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATc < 2:1599949/141‑1 (MQ=255) cacaAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCa > 1:1601850/1‑141 (MQ=255) acagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgattt < 1:819958‑M1/141‑139 (MQ=255) acagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgattt < 2:1545952‑M1/141‑139 (MQ=255) cagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttt < 1:788324‑M1/141‑140 (MQ=255) cagatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttt < 1:1279233‑M1/141‑140 (MQ=255) agatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttta < 1:1367105‑M1/141‑141 (MQ=255) agatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttta > 1:503602‑M1/1‑1 (MQ=255) agatatttttacaatgagaagcgatacagctgcctcaataaaaatatttgtgcgtttttattgttggaaaataaaattttaatcgctattgttaatttctgtaatgtaaaacaaggttgagttacaataaaagtgatttta < 1:401444‑M1/141‑141 (MQ=255) aaaTATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACgg < 1:1048498/141‑1 (MQ=255) | TATCAATAAATATGTATCATTCCTAGAATTTTATTGAACAAAAAGTTATAAAATCACTTTTATTGTAACTCAACCTTGTTTTACATTACAGAAATTAACAATAGCGATTAAAATTTTATTTTCCAACAATAAAAACGCACAAATATTTTTATTGAGGCAGCTGTATCGCTTCTCATTGTAAAAATATCTGTGCATATTATCTATTTATCTCAATCTAACGTCTTAACTAACTTGTTGTATCTTGTAAAATCTTATCCATAGAATGCGCAACACTATCACGG > CP000730/2726689‑2726969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |