| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2793464 = | 175 (1.350) | 5 (0.040) | 3/234 | NT | 3.3% | coding (2179/2982 nt) | pip | possible bacteriophage infection protein |
| ? | CP000730 | 2793513 = | 136 (1.140) | coding (2130/2982 nt) | pip | possible bacteriophage infection protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TGCAATAATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > CP000730/2793324‑2793603 | gtgatgtagctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttcgaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaata > 2:1461363‑M1/141‑141 (MQ=255)gtgatgtagctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttataacatctattaacgaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaata > 1:1649759‑M1/141‑141 (MQ=255)gtgatgtagctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaata < 1:643275‑M1/1‑1 (MQ=255) tgatgtagctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaaattaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaataa > 2:1592495‑M1/140‑141 (MQ=255) gatgtagctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaataaa > 1:358612‑M1/139‑141 (MQ=255) aataatACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGaaaa < 2:1431685/141‑1 (MQ=255) ataataCCCGCTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGaaaaa > 2:643275/1‑141 (MQ=255) ataataCCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGaaaaa > 1:1493237/1‑141 (MQ=255) tagctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaatAAAAATc > 2:1466498‑M1/135‑141 (MQ=255) ataCCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCa > 2:848031/1‑141 (MQ=255) ataCCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCa > 1:600023/1‑141 (MQ=255) agctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaatAAAAATCa > 2:519929‑M1/134‑141 (MQ=255) gctaaagctgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaatAAAAATCAg < 2:487226‑M1/9‑1 (MQ=255) aCCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGc < 1:1003913/141‑1 (MQ=255) aCCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGc < 2:913076/141‑1 (MQ=255) aCCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGc < 2:502851/141‑1 (MQ=255) gcttgcttTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTaaa < 2:1493237/141‑1 (MQ=255) tgctaactttgtgcgcaatgacttaccacagttagaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaataaaaatcagaaaaaaaa > 2:1274379‑M1/125‑133 (MQ=255) ttttCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATa < 1:1488400/141‑1 (MQ=255) tttCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATaa < 1:702541/141‑1 (MQ=255) tCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAg < 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tCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCttt < 1:1261273/141‑1 (MQ=255) aTTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGCGCTAAATCAGCTAAAGCTGATAAAGCCttttt < 2:419889/141‑1 (MQ=255) tCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATTTGATAAAGCCTTTTTCg > 2:1326209/1‑141 (MQ=255) tCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCg < 1:1154739/141‑1 (MQ=255) cTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGc > 1:805802/1‑141 (MQ=255) ttAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCt > 2:92524/1‑141 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tAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGAttttt > 1:1080037/1‑141 (MQ=255) agaacagcgattaactaatgcgacagcaagtgtgaataaaaatttaccaacgttattaaatggttatgatcaagcggtaggattactaaatAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTttta > 2:1107673‑M1/92‑141 (MQ=255) aTTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttat > 2:967918/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttat < 1:1332677/141‑1 (MQ=255) aTTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttat > 1:1202444/1‑141 (MQ=255) aTTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTtttat < 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(MQ=255) cTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAAt > 1:1063162/1‑141 (MQ=255) ttCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTa > 1:1026883/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTc > 1:751247/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTca > 2:906591/1‑141 (MQ=255) tCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTcaca < 1:848031/141‑1 (MQ=255) tttttCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACt < 2:1277970/141‑1 (MQ=255) tttCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTg < 1:1140872/141‑1 (MQ=255) tCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATc < 1:1458567/98‑1 (MQ=255) aaCATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGt > 2:1629014/1‑141 (MQ=255) aCATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACAGCTTGATAATAACCATTTATTAACGTTGGTAAATTGTTATGCACACTTGCTGTc > 1:738702/1‑141 (MQ=255) aCATCAGGCAAATTATTTTGAGAAAAATCTGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTc > 2:186046/1‑141 (MQ=255) aGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCAtt < 1:605851/141‑1 (MQ=255) aaTTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGtt < 2:201489/141‑1 (MQ=255) atttatttTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTTTTTTTTTGTTGATATTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTTTTCACACTTTCTGTCGCATTATTTa > 2:1422956/1‑141 (MQ=255) atttatttTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTa < 1:1235651/141‑1 (MQ=255) attgTGAGGAAAAACAGCCAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGTTTGTGCCTTGTTTATATTTAATACTCCTACCGCTCGATCATTACCCTTTAAAAACGTTGGTAGCTTCTTATTCACACTTGCTGTCACATTCTTTATTCg > 2:1032258/1‑141 (MQ=255) tGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGt < 1:375085/141‑1 (MQ=255) gagaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCAGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGtt < 2:282474/141‑1 (MQ=255) agaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTc < 2:548093/141‑1 (MQ=255) agaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTc < 1:1550771/141‑1 (MQ=255) agaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTc < 2:82622/141‑1 (MQ=255) gaAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCt < 2:734999/141‑1 (MQ=255) | TGCAATAATACCCGCTTGCTTTTTCAAATCATTCTTAAGTGTGTCGATTAATTTGTCGACTGCATCATCTTTGTCTAATTTCTTGAAAATTTTATTCGCTTTTTTCAAATCTTTTTCAACATCAGGCAATTTATTTTGAGAAAAATCAGCTAAATCTGATAAAGCCTTTTTCGCTTGTGGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTCT > CP000730/2793324‑2793603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |