New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2252658 = | 94 (1.060) | 5 (0.060) | 4/246 | NT | 5.5% | intergenic (+94/+58) | luxS/USA300HOU_2124 | S‑ribosylhomocysteine lyase/hypothetical membrane protein |
? | CP000730 | 2252704 = | 82 (0.970) | intergenic (+140/+12) | luxS/USA300HOU_2124 | S‑ribosylhomocysteine lyase/hypothetical membrane protein |
AATCTTAGTCAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATATTAGCT > CP000730/2252564‑2252836 | aatCTTAGTCAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGattta < 1:345085/141‑1 (MQ=255) aatCTTAGACAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGAAAAAAAAAAAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGattta < 2:600544/141‑1 (MQ=255) tCTTAGTCAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttatt > 2:77465/1‑141 (MQ=255) tCTTAGTCAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGatttatt < 1:790615/141‑1 (MQ=255) ttAGTCAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTg < 1:969644/141‑1 (MQ=255) atcaaGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCa > 2:317472/1‑141 (MQ=255) atcaaGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCa < 2:19417/141‑1 (MQ=255) tcaaGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCAc < 2:482591/141‑1 (MQ=255) caaGTTACTCAGAAACGCAGGCGCAGAATGAACTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATAAAAAAAAAA‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACt < 2:368531/141‑1 (MQ=255) caaGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACt < 1:486260/141‑1 (MQ=255) aaGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATGAAAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACt < 2:118718/141‑1 (MQ=255) gTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACtata < 1:686889/141‑1 (MQ=255) gTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACtata < 1:1022168/141‑1 (MQ=255) aaTCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAAtt > 1:875483/1‑141 (MQ=255) aaTCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAAtt < 1:750310/141‑1 (MQ=255) aTCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAAttt > 2:248243/1‑141 (MQ=255) tCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTc > 2:560674/1‑141 (MQ=255) aGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCtt < 2:96273/141‑1 (MQ=255) gAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGATAACCACTATAATTTCTTa > 1:230897/1‑141 (MQ=255) aaaGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAAt > 1:850982/1‑141 (MQ=255) aaGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAAtt < 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1:1064955/1‑141 (MQ=255) tttACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAAc > 1:162653/1‑141 (MQ=255) ttACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTAAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACt > 2:1035478/1‑141 (MQ=255) aCAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGc < 2:33349/141‑1 (MQ=255) aCAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGc > 1:732179/1‑141 (MQ=255) aCAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATAAAAAAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGc < 2:1000208/141‑1 (MQ=255) aCAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTGCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGc < 1:1082990/141‑1 (MQ=255) aTCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATa > 1:777951/1‑141 (MQ=255) gCCATTTTCCAACTGCTTTGTATTATGGTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATGAACACGAACTGCATAGGt < 2:1081509/141‑1 (MQ=255) gCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGt > 1:454822/1‑141 (MQ=255) ccATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTa < 1:1058404/141‑1 (MQ=255) tGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAATGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCt > 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(MQ=255) aaCATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCTATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGa > 2:179378/1‑141 (MQ=255) aaCATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGa < 1:823671/141‑1 (MQ=255) aaCATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGa < 1:509666/141‑1 (MQ=255) aaCATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGa < 1:644461/141‑1 (MQ=255) aaCATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGCTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGa < 1:758880/141‑1 (MQ=255) aaCATTTGTCCGATTCATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGa < 1:901745/141‑1 (MQ=255) tcatttgttcgatttATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGat > 1:92016‑M2/16‑141 (MQ=255) aTTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGatat > 2:920273/1‑141 (MQ=255) tttGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATAtt < 1:1025417/141‑1 (MQ=255) gTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATATTAGc < 2:120121/141‑1 (MQ=255) tCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATATTAGCt < 1:1035818/141‑1 (MQ=255) tCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATATTAGCt < 2:777951/141‑1 (MQ=255) tCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTCGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATATTAGCt < 1:550971/141‑1 (MQ=255) | AATCTTAGTCAATCAAGTTAATCAGAAAAGCAGTCGAACAATGATTTTACAATCGCCATTGTCCAACTGCTTTTTATTATGCTTCAAAGTCAAAAAATCGAACAAATG‑AAAAAGTAAAATCTTTAACATTTGTCCGATTTATTTGAGAACCACTATAATTTCTTAATTAGTCCCATTAACACGAACTGCATAGGTAACCTTAAATATAGTTGCCATGTTGGCAATTGTTTATCTCCTAAAGGTAACTTTTTAACTGCCATATAGATATTAGCT > CP000730/2252564‑2252836 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |