| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 234750 | 98 (1.220) | 9 (0.120) | 9/248 | 8.6 | 9.1% | intergenic (+48/+217) | USA300HOU_0211/USA300HOU_0212 | hypothetical protein/oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| ? | CP000730 | = 234763 | 89 (1.200) | intergenic (+61/+204) | USA300HOU_0211/USA300HOU_0212 | hypothetical protein/oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTGTTTTTTGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGT > CP000730/234613‑234890 | ttgtTTTTTGAGCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACt < 2:588084/140‑1 (MQ=255)gtgtTTTTTGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCCCt > 2:454681/1‑141 (MQ=255) gtTTTTTGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGccacta < 2:127885/141‑6 (MQ=255) tttGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACAt > 2:617453/1‑141 (MQ=255) tttGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACAt < 2:331446/141‑1 (MQ=255) tttGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACAt < 2:266002/141‑1 (MQ=255) tGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAg < 2:170013/141‑1 (MQ=255) gATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGt > 1:335353/1‑141 (MQ=255) aagcAAAGTATATTTGAATGTGTTAATAATGAAAGAAAAAGAGTGAGTGACGTTGAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACAGACTCAAAAATCGGAATAGTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGt < 2:451676/138‑1 (MQ=255) aTCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGccactatgtgaagt < 2:942705/141‑14 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aTTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAtt < 2:73314/141‑1 (MQ=255) tGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTAt > 2:215001/1‑141 (MQ=255) aTGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCt > 2:158959/1‑141 (MQ=255) tgtgTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTg < 2:576024/141‑1 (MQ=255) gtgtTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTgg < 1:645086/141‑1 (MQ=255) gtgtTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTgg < 2:1014670/141‑1 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(MQ=255) aaTATTCTAATAAAATATAAATAATCCACCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTa > 2:969039/1‑141 (MQ=255) tatTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAAc < 2:994813/141‑1 (MQ=255) ttCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACtt < 1:626805/141‑1 (MQ=255) cTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAg > 1:585161/1‑141 (MQ=255) cTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAg > 1:610/1‑141 (MQ=255) taataaAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGc < 2:206016/141‑1 (MQ=255) taaAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGcaca < 1:270990/141‑1 (MQ=255) atatAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTCAAAATGCCCAGAGTATGGGTGTGACCCTTAAATCATGGCAAGGCACTTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAatat > 2:562820/1‑141 (MQ=255) ataaataaTCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGTGTGACTCTTAAATCATTGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATAtag < 2:258161/141‑1 (MQ=255) aaataaTCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATAtagtt > 2:568848/1‑141 (MQ=255) aataatCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGGTTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTACGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTGGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATAtagtta > 1:838900/1‑141 (MQ=255) aataatCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATAtagtta > 1:821018/1‑141 (MQ=255) atCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTAt < 1:936342/141‑1 (MQ=255) atCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTAt < 1:8111/141‑1 (MQ=255) ccccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGAc < 1:116411/141‑1 (MQ=255) ccccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGAc < 2:722421/141‑1 (MQ=255) ccccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGAc < 2:698356/141‑1 (MQ=255) ccccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAGTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCGGAGCCCTAACTTAGCACAATATCGTTAGTATTAc > 2:918085/1‑141 (MQ=255) ccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTGAGCACAATATAGTTAGTATGACaa < 1:713810/141‑1 (MQ=255) gCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTCAAAATGCCCAGAGTATGGGTGTGACCCTTAAATCATGGCAAGGCACTTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAg > 1:303415/1‑141 (MQ=255) cACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGt < 2:483286/141‑1 (MQ=255) | GTGTTTTTTGATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGT > CP000730/234613‑234890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |