| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 234750 | 98 (1.220) | 9 (0.120) | 9/248 | 8.6 | 9.1% | intergenic (+48/+217) | USA300HOU_0211/USA300HOU_0212 | hypothetical protein/oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| ? | CP000730 | = 234763 | 89 (1.200) | intergenic (+61/+204) | USA300HOU_0211/USA300HOU_0212 | hypothetical protein/oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCTAACATAA > CP000730/234623‑234902 | aTCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTg < 1:137863/141‑1 (MQ=255) cAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGc > 2:259096/1‑141 (MQ=255) tttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTTACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCggggg < 1:273122/141‑1 (MQ=255) ttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAGAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGa < 2:870633/141‑1 (MQ=255) ttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGa < 2:1006964/141‑1 (MQ=255) ttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGa > 2:81334/1‑141 (MQ=255) ttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGa < 2:1007303/141‑1 (MQ=255) ttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGa > 2:234480/1‑141 (MQ=255) ttATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGa > 2:887983/1‑141 (MQ=255) aTTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACGTAGTGGCGGGGGAtt > 2:681332/1‑141 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(MQ=255) ccccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGAGTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCGGAGCCCTAACTTAGCACAATATCGTTAGTATTAc > 2:918085/1‑141 (MQ=255) ccGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTGAGCACAATATAGTTAGTATGACaa < 1:713810/141‑1 (MQ=255) gCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTCAAAATGCCCAGAGTATGGGTGTGACCCTTAAATCATGGCAAGGCACTTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAg > 1:303415/1‑141 (MQ=255) cACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGt < 2:483286/141‑1 (MQ=255) cTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCa < 1:337804/141‑1 (MQ=255) ttCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCAt < 2:183433/141‑1 (MQ=255) cacaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCt < 2:942080/141‑1 (MQ=255) acaTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAG‑ATGActttgtcatacta < 1:829241/141‑13 (MQ=255) caTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaa < 1:946137/141‑1 (MQ=255) caTAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaa > 2:905619/1‑141 (MQ=255) tAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaaca > 1:48383/1‑141 (MQ=255) aGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacat < 1:570607/141‑1 (MQ=255) tGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCtaacataa < 1:51460/141‑1 (MQ=255) ggCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACa > 2:310378/1‑124 (MQ=255) ggCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACa < 1:310378/124‑1 (MQ=255) | ATCAAAGTTTATTTGAATGTGTTAATTATGAAAGAAAAAGAGTAAGTGACGTTAAATATACATTGACTAAGCTAAGTTGACACACTCAAAAATCTGAATATTCTAATAAAATATAAATAATCCCCCGCACTTCACATAGTGGCGGGGGATTTATTCTGGCGTTAAAATGCCCAAAGTATGGGGGTGACTCTTAAATCATGGCAAAGCACCTAAAACTTGATATGGTGCCGAGCCCTAACTTAGCACAATATAGTTAGTATGACAAAGTCATCTAACATAA > CP000730/234623‑234902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |